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我正在尝试可视化包含 87 个变量的 PCA。
prc <-prcomp(df[,1:87], center = TRUE, scale. = TRUE)
ggbiplot(prc, labels = rownames(df[,1:87]), var.axes = TRUE)
当我创建双标图时,许多向量相互重叠,导致无法读取标签。我想知道是否有什么方法可以一次只显示一些标签。例如,我认为如果我可以创建几个单独的双图,每个双图仅显示向量上标签的子集,那将会很有用。
This question似乎密切相关,但我不知道它是否翻译为最新版本的ggbiplot。我也不知道如何修改原来的功能。
最佳答案
一个潜在的解决方案是使用 factoextra
包来可视化您的 PCA 结果。 fviz_pca_biplot()
函数包含一个 repel
参数。当repel = TRUE
时,绘图标签会展开以尽量减少重叠。文档中还提到了 select.var
选项,例如 select.var = list(contrib=5)
仅显示 5 个最有影响力的向量。还有一个 select.var = list(name)
选项,似乎允许指定您想要显示的特定变量子集。
# read data
df <- mtcars[, c(1:7,10:11)]
# perform PCA
library("FactoMineR")
res.pca <- PCA(df, graph = FALSE)
# visualize
library(factoextra)
fviz_pca_biplot(res.pca, repel = TRUE, select.var = list(contrib = 5))
关于r - 使用 ggbiplot 在 R 中可视化具有大量变量的 PCA,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/59865922/
有人知道如何更改点大小并仍然保持下面代码中的组颜色吗? 只需添加 geom_point(size = 8) 即可将所有点的颜色更改为黑色。 代码: library(ggbiplot) data(win
在示例 ggbiplot 脚本图中有 3 组,如何更改标记颜色和形状? library(ggbiplot) data(wine) wine.pca <- prcomp(wine, scale. = T
我有一个数据集 数据$cell_line.sva ,其暗淡为 313 11875。 cc.pca <- prcomp(data$cell_line.sva, center = TRUE, scale.
默认情况下,ggbiplot 函数给出一个图形,其中载荷为红色箭头,单位标签为黑色: library(ggbiplot) data("USArrests") us <- princomp(USArre
根据下面的帮助,我尝试使用此脚本使用凸包绘制 PCA,但没有成功,知道如何解决它吗? library(ggbiplot) library(plyr) data <-read.csv("C:/Users
我正在尝试安装 ggbiplot 的开发版本来自 Github .在安装过程中,我收到以下错误消息: library(devtools) install_github("ggbiplot", "vqv
我正在尝试使用 prcomp 绘制主成分分析和 ggbiplot .我在单位圆之外获取数据值,并且在调用 prcomp 之前无法重新调整数据。这样我就可以将数据限制在单位圆上。 data(wine)
我正在尝试使用 R 对我的数据进行 PCA 分析,我发现 this nice guide , 使用 prcomp和 ggbiplot .我的数据是两种样本类型,每种类型具有三个生物学重复(即 6 行)
我正在创建一个包含多变量数据的 PCA 双图。 有没有办法在 ggbiplot 中指定线段的颜色/透明度/位置?此命令的所有参数均未提供此选项。 我知道 ggbiplot 是基于 ggplot - 它
我正在尝试可视化包含 87 个变量的 PCA。 prc <-prcomp(df[,1:87], center = TRUE, scale. = TRUE) ggbiplot(prc, labels =
我有一个大数据集并试图绘制 PCA。我对最终的情节相当满意,但我想改变一些事情: 箭头:它们似乎在背景中并被数据点覆盖。1)我怎样才能把它们放在前面?2)如何更改颜色和喜欢的大小? 省略号:3) 如何
我通常使用 prcomp 函数执行主成分分析,并使用 ggbiplot(或者仅使用 ggplot2)以奇特的方式绘制结果> 提取 pca.obj$x). 像这样: #install_github("v
我是一名优秀的程序员,十分优秀!