r - 如何翻转pheatmap中的层次聚类节点

Question

我有以下代码:

pheatmap::pheatmap(mtcars, clustering_method = "ward.D2")

这会产生如下图。

我想做的是做这些:

1. 将 mpg 和 qsec 节点移至 wt 之后。
2. 将 disp 和 hp 节点移至最左侧。

这是正确的做法吗？如果是这样我怎样才能实现这一目标？

更新

遵循下面 Marco Sandri 的建议并添加一些内容周。我想出了这段代码来完成这项工作:

phtmap <- pheatmap::pheatmap(mtcars)
col_dend <- phtmap[[2]]
col_dend <- dendextend::rotate(col_dend, order = c("hp", "disp",   "vs", "am", "cyl", "drat", "gear", "carb","wt", "mpg","qsec") )
pheatmap(mtcars, cluster_cols=as.hclust(col_dend))

Answer 1

也许这就是您正在寻找的。

library(pheatmap)
library(seriation)
library(dendextend)

phtmap <- pheatmap(mtcars)
col_dend <- phtmap[[2]]
col_dend <- rotate(col_dend, order = rev(names(mtcars)[get_order(col_dend)]))

# The pheatmap with the same clustering of heatmaply
pheatmap(mtcars, cluster_cols=as.hclust(col_dend))