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我们必须阅读一个轨迹xyz文件(py3dmol),计算所有“相”在C和O原子之间的键长,并将这些键长添加到列表中。
当我尝试使用给定的文件执行它时,它给我错误“分配前引用的局部变量'c_line'”。我想我明白问题出在哪里-我必须告诉循环继续执行语句中分配的变量,但是我该如何解决呢?我试过将坐标分配(c_x = etc
)放在if语句中,但是然后在co_vector
的o_x
行中触发了相同的错误,或者该函数未返回任何内容。
还是我做的完全错误?我已经尝试了所有可以想到的变化,但是我感觉到自己可能受到精神障碍的困扰。
编辑:我明白是什么问题。 if语句仅允许一次定义一个c_line
或o_line
,而我需要为每个循环都定义两个定义来执行计算。但是我不知道如何通过if语句搜索文件中的那些特定行。 (我希望这是有道理的)有什么想法可以解决这个问题吗?在作业中它表示我们应该以某种方式使用if语句。
def co_bond(file):
file = open(file,'r') ## read file
lines = file.readlines()
file.close()
bond_list = []
c_x = 0
c_y = 0
c_z = 0
o_x = 0
o_y = 0
o_z = 0
for line in lines: # loop through entire file
if line.startswith("c"): # find c-atom lines
c_line = line.split()[1:] # have only coordinates (first item is atom name)
elif line.startswith("o"): # find o-atom lines
o_line = line.split()[1:]
c_x = float(c_line[0]) # create c-atom coordinates
c_y = float(c_line[1])
c_z = float(c_line[2])
o_x = float(o_line[0]) # create o-atom coordinates
o_y = float(o_line[1])
o_z = float(o_line[2])
co_vector = [o_x - c_x, o_y - c_y, o_z - c_z] # create vector between c and o
co_length = sqrt(co_vector[0]**2 + co_vector[1]**2 + co_vector[2]**2) # calculate bondlength
bond_list_filled = bond_list.append(co_length)
return bond_list_filled
最佳答案
尝试这个:
if line.startswith("c"): # find c-atom lines
c_line = line.split()[1:] # have only coordinates (first item is atom name)
c_x = float(c_line[0]) # create c-atom coordinates
c_y = float(c_line[1])
c_z = float(c_line[2])
elif line.startswith("o"): # find o-atom lines
o_line = line.split()[1:]
o_x = float(o_line[0]) # create o-atom coordinates
o_y = float(o_line[1])
o_z = float(o_line[2])
问题是,当其中一条线是o原子时,您没有定义c_line,而是在执行c_line [0]时使用了它。因此,在为变量c_line赋值之前,请先对其进行引用。
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