r - ‘median’ 没有可见的全局函数定义

Question

自从最新的 R 更新以来，我得到了 Note

summary.xmlImport: no visible global function definition for ‘median’

在 CRAN 检查中。更多注意事项请参阅 read.table , write.table以及 R 中的其他标准函数。

当我查看我的文件 summary.xmlImport 时，该文件如下所示:

summary.xmlImport <- function(object, ...){

   rowCount <- sapply(object,nrow)
   cat("Summary of xmlImport object\n")
   cat("---------------------------\n")
   cat("Sequences    :",length(object),"\n")
   cat("Min hits     :",min(rowCount),"\n")
   cat("Average hits :",mean(rowCount),"\n")
   cat("Median hits  :",median(rowCount),"\n")
   cat("Max hits     :",max(rowCount),"\n")
   invisible(object)

} 

我不明白，为什么我现在要添加 median函数到 NAMESPACE，但为什么不是 min , mean等。该注释仅关于 median功能。

任何人都知道 Note 的原因是什么以及如何解决它？我注意到目前有大量 R 包具有相同的 Note。

我可以在未声明变量的上下文中理解此警告，但我认为 median() , read.table()并且这些函数在 R 中是全局可见的，尤其是 mean()似乎是!？

编辑:我只收到关于 CRAN 的注释，但没有在我的本地计算机上收到什么使得搜索解决方案有点讨厌......我的计算机的 session 信息:

> sessionInfo()
R version 3.2.1 (2015-06-18)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 14.04.2 LTS

Answer 1

截至 Monday June 29, 2015 , 所有非 底座 函数必须在 NAMESPACE 中显式导出才能通过 R CMD check --as-cran .发生变化是因为现在仅使用 检查代码。底座 附加包，因此必须明确列出默认包中的函数(例如 stats )。

要导入这些包，请考虑执行以下操作:

在说明中，您可能希望在 Imports 中列出它们.几乎没有理由在 Depends 中列出软件包.

在 NAMESPACE 中，您可以选择 import(stats)或 importFrom(stats, ...) ，其中 ...是一个或多个逗号分隔的函数名。 (如果您使用 roxygen2::roxygenize() 或 devtools::document() 来生成文档和 NAMESPACE，类似的标记将是 #' @import stats 和 #' @importFrom stats ...。)

如果您想以模仿此方式的模式与 R 交互工作，您将需要仅附加基本包来启动 R。 There are several ways to do this ，但可能最简单的方法是在您的 shell 中设置一个环境变量: R_DEFAULT_PACKAGES=NULL或者在 .Renviron 文件中，然后使用 R --vanilla 启动 R .在终端或 bash 中，这将是:

$ export R_DEFAULT_PACKAGES=NULL
$ R --quiet --vanilla
> search()
[1] ".GlobalEnv"   "Autoloads"    "package:base"

在 Windows 命令提示符下，它将是:

C:\>SET R_DEFAULT_PACKAGES=NULL
C:\>R --quiet --vanilla
> search()
[1] ".GlobalEnv"   "Autoloads"    "package:base"