r - 有效调试 Shiny 的应用程序

Question

我有一个复杂的 Shiny 应用程序，分布在多个文件中，它使用来自多个包的代码。该应用程序在 R Studio 中本地运行时可以工作，但在我的服务器上它会引发一般错误:

Error: do not know how to convert 'x' to class "Date"

这可能是一个简单的编程错误，但要弄清楚代码中错误的确切位置是很困难的。

如何查找并修复 Shiny 应用程序中的错误来源？有哪些工具可以系统地做到这一点？

在 Google Groups 上有一些类似问题的讨论。 .

Answer 1

您可以使用 logging 的组合来实现登录服务器。和 shinyjs .

install.packages("logging")
install.packages("shinyjs")

在您的 ui.R 中，绑定(bind) shinyjs使用 shinyjs::useShinyjs :

library(shinyjs)

shinyUI(
    fluidPage(
        useShinyjs(),
# etc...

在您的 server.R 中，添加 logjs到日志处理程序列表:

library(magrittr)
library(shinyjs)
library(logging)

basicConfig()

options(shiny.error = function() { 
    logging::logerror(sys.calls() %>% as.character %>% paste(collapse = ", ")) })

shinyServer(function(input, output, session) {

    printLogJs <- function(x, ...) {

        logjs(x)

        T
    }

    addHandler(printLogJs)
# etc...

然后打印一些东西，使用 loginfo .

其他提示

在本地运行应用程序时，例如从 RStudio，使用 options(shiny.error = browser)或 options(shiny.error = recover)以确定错误的来源。

将尽可能多的业务逻辑放入包和外部脚本中。每当您怀疑它们引起问题时，对它们进行单元测试。 testthat包可以在这里提供帮助。

如果您希望变量满足某些约束，请添加断言。例如，如果 x应该是 zoo , 把 assert_that(is.zoo(x))在你的 react 顶部附近。

注意默认 drop行为。养成指定 drop = F 的习惯每当您希望结果为 data.frame 时.

尽量减少代码单元所依赖的变量(选项、环境、缓存、UI 状态等)的数量。弱类型语言已经很难调试了!

尽可能使用正确的 S4 和 S3 类而不是原始 R 结构。

dput将允许您检查对象的内部结构，并且在尝试在应用程序之外重现错误时非常有用。

尝试在交互式控制台中进行调试，而不是使用 print在一个应用程序内。这将允许您更快地迭代。如果无法在应用程序之外进行调试，请尝试输入 browser()在问题代码之前调用。

切勿使用 sapply在非交互式代码中。如果输出为空，它将无法推断出您想要的类型并返回空 list .如果您的结果应该是 vector , 使用 vapply .如果您的结果应该是 list , 使用 lapply .

您还应该查看 Debugging Shiny Applications来自 RStudio 团队。