syntax-error - Snakemake语法错误: No rule keywords allowed after run/shell/script/wrapper/cwl in rule

Question

我的samtools_dup规则存在一些问题。

它在/data/mypipeline.smk的第201行中显示“SyntaxError:
规则samtools_dup中的run/shell/script/wrapper/cwl之后不允许使用规则关键字。 (mypipeline.smk，第201行)” 。

如果我搜索该错误，我发现有人在他们的代码中说，可能是他在“shell:”之后放置了“log:”(并且shell应该是每个规则中的最后一件事)，但是在我的代码中不是这样。在许多其他论坛上，我看到有人张贴它，但未记录任何答案。我不确定这个错误还会在哪里...有什么想法吗？谢谢 !

在这里，我发布了代码供您查看。

dup_fun="rmdup"

# Mark or remove duplicates with Samtools
if ( mrDup == "mark" or mrDup == "rm" ):
    rule samtools_dup:
        input: f'{bamDir}' + '/{sample}_sort.bam')
        params: fun = dup_fun
        output: protected(f'{dupDir}' + "/" + f'{mrDup}dup.bam')
        shell: "samtools {params.fun} -s {input} {output}"

Answer 1

我在您的代码段中看到语法错误:input部分中有一个右括号，而没有左括号:

input: f'{bamDir}' + '/{sample}_sort.bam')
                                         ^ where is the opening bracket?

您的文件中可能还存在其他语法错误，但您绝对只能提供其中的一小部分。