r - 如何打开出现错误的矩阵

Question

我在R中的一项繁重工作上遇到错误。我将其作为R脚本运行。我不断收到Error in chol.default(F.mat) :
the leading minor of order 1 is not positive definite的错误。

我通常在qsub中运行我的工作，但这只会给我一个错误输出，但无法四处查看。然后，我尝试在本地运行我的工作，但我的4GB Macbook完全不堪重负。

现在，我尝试使用screen name并在屏幕上使用options(error=recover)运行它。现在，我遇到了与上述相同的错误，但是我不知道如何访问数据帧。我得到了recover called non-interactively; frames dumped, use debugger() to view，但是随后我将其放入bash行中，而且我不知道如何打开数据框。

有任何想法吗？

Answer 1

这有点尴尬，因为(1)或多或少是远程调试，并且(2)我实际上从未尝试过非交互式地自己调试，但是:似乎options(error=function() dump.frames(to.file=TRUE))可能值得尝试？

将帧转储到文件(默认情况下在工作目录中为last.dump.rda)之后，您应该能够运行load("last.dump.rda"); debugger(last.dump)以返回调试环境。

两个警告:

我还没有实际测试过，只是阅读并解释了?dump.frames；

我强烈建议您使用短时间测试来测试它，或者在数据的一小部分上运行原始代码，或者设置一个类似于

的小型测试脚本

 options(error=function() dump.frames(to.file=TRUE))
 Sys.sleep(60)
 stop("testing error exit")