R tryCatch 跳过错误

Question

我尝试连接 2 个数据框:Eset2 和 Essential。它们共享 1 个包含基因名称的公共(public)列，并且两个框架都有唯一的行。

所以我决定在 Eset2 中查找我需要的值(RMA，ANNOT)并将它们绑定(bind)到 Essential 中具有相应基因名称的行。

但有时我无法查找，因为 Essential 中有独特的基因。所以，会有一个错误:我在 Eset2 中搜索相应的行会出现 numeric(0)。

所以我决定使用tryCatch。
但是，它没有帮助。当搜索在 Eset2 中没有找到这样的基因时，脚本不会为 RMA 和 ANNOT 输入 NA，而是输入上一个成功找到的基因的值。

    for (i in 1:nrow(essential)) {
      temp <- tryCatch(
      # eset2$GENENAMEand essential[,4] contain gene names
        eset2[eset2$GENENAME == essential[i,4],]$RMA,
      error = function(e) {
        print("This is the 'error' part1")
        return(NA)}
      )
      essential$rma[i] <- temp

      temp <- tryCatch(
        eset2[eset2$GENENAME == essential[i,4],]$ANNOT,
      error = function(e) {
        print("This is the 'error' part2")
        return(NA)}
      )
      essential$long_name[i] <- temp
    }

我通过使用它解决了这个问题:

        for (i in 1:nrow(essential)) {
            temp <- try(eset2[eset2$SYMBOL == essential[i,4],]$rma)
            if (length(temp) != 0) {
              essential$rma[i] <- temp
            }
            else {
              essential$rma[i] <- NA
            }
            temp <- try(eset2[eset2$SYMBOL == essential[i,4],]$GENENAME)
            if (length(temp) != 0) {
              essential$long_name[i] <- temp
            }
            else {
              essential$long_name[i] <- NA
            }
          }

我想知道我是否使用 tryCatch 错误。
我试过这样做:

         temp <- eset2[eset2$GENENAME == essential[i,4],]$ANNOT

但这没有帮助。
你能明白为什么我的 tryCatch 失败了吗？

Answer 1

我相信错误 block 从未被评估的原因是数据帧子集评估为 numeric(0)不是错误。相反，您应该明确检查 numeric(0)并替换为 NA当你遇到它时:

for (i in 1:nrow(essential)) {
    temp <- eset2[eset2$GENENAME == essential[i,4],]$RMA
    essential$rma[i] <- ifelse(length(temp) == 0, NA, temp)

    temp <- eset2[eset2$GENENAME == essential[i,4],]$ANNOT
    essential$long_name[i] <- ifelse(length(temp) == 0, NA, temp)
}

顺便说一句，可能有一种方法可以矢量化 for您使用的循环，可能会将整个循环减少到几行 R 代码。但是这个答案有望阐明为什么错误 block 从未被击中，以及您可以做些什么作为替代方案。