r - 如果某些人只有1个 parent ，则在R中创建谱系？

Question

当某些人只认识一位 parent 时，是否可以在R中创建血统书？

我曾尝试在R中使用kinship2软件包创建一个血统书，但我相信只有在没有 parent (被认为是第1代)的情况下，然后又是 parent 的情况下，这才可以解决。

我相信synbreed软件包能够处理此问题，并且我尝试了以下代码，但由于某种原因，我收到了无法解密的错误代码。我的数据的结构方式有问题吗？还是我如何制定create.pedigree()函数的参数？还是不可能在同族组合中构建此谱系？

注意数据帧“Ped”的第5行和第6行只有一个父ID。

> Ped<-read.csv("Pedigree.csv",header=T)
> library(synbreed)

> head(Ped)
  IndividualID    SireID     DamID    Sex
1    019-35751 026-34118 026-34117   male
2    019-35740      <NA>      <NA> female
3    019-35791 026-34129 026-34128   male
4    019-35702      <NA>      <NA>   male
5    019-35784      <NA> 026-34147 female
6    019-35764      <NA> 026-34133   male

> str(Ped)
'data.frame':   1136 obs. of  4 variables:
 $ IndividualID: Factor w/ 1136 levels "019-35702","019-35712",..: 6 4 10 1 9 8 3 63 62 108 ...
 $ SireID      : Factor w/ 136 levels "019-35712","019-35756",..: 8 NA 15 NA NA NA 23 23 23 84 ...
 $ DamID       : Factor w/ 131 levels "026-34101","026-34103",..: 4 NA 7 NA 13 8 NA NA NA 30 ...
 $ Sex         : Factor w/ 2 levels "female","male": 2 1 2 2 1 2 2 2 2 2 ...

> create.pedigree(Ped$IndividualID, Ped$SireID, Ped$DamID , unknown = NA)
Error in `[<-.data.frame`(`*tmp*`, is.na(pedigree), value = 0) : 
  unsupported matrix index in replacement

Answer 1

我不知道synbreed软件包及其对只有一位已知 parent 的个人的假设，因此下面的答案可能与您要寻找的答案不同。

但是，如果您知道/相信未知的 parent 是指独立的人，则可以通过添加“空” parent 来“修复”数据集。

类似于您显示的玩具数据集可能是

fid id father mother sex
1   1   .      .      1
1   2   .      .      2
1   3   1      2      1
1   4   1      2      1
1   5   .      2      2
1   6   .      2      1

在这里，我们缺少了个人5和6的父亲。然后，我们添加了两个新条目来代表我们未曾见过的父亲。因此，数据集应为

fid id father mother  sex
1   1    .       .      1
1   2    .       .      2
1   3    1       2      1
1   4    1       2      1
1  100   .       .      1
1  101   .       .      1
1   5   100      2      2
1   6   101      2      1

在这里，我们添加了两个新父亲，仅用于填写血统书结构。最后一个数据集可以用

library(kinship2)
indata <- read.table("ped.txt", header=TRUE, na.strings=".")
with(indata, pedigree(id=id, dadid=father, momid=mother, sex=sex, famid=fid))

现在，在固定数据集中，我们隐含地假设个体5和6是同父异母的 sibling ，而他们不能是同父异母的 sibling 。如果 synbreed包(和相关的计算)可以处理那些人的可能性，那么那与我建议的是不同的(并且在计算上非常困难)。