r - tryCatch 似乎没有返回我的变量

Question

我正在尝试使用 tryCatch 生成 p 值列表，矩阵中有几行没有足够的观察值来进行 t 检验。这是我到目前为止生成的代码:

pValues <- c()
for(i in row.names(collapsed.gs.raw)){
  tryCatch({
    t <- t.test(as.numeric(collapsed.gs.raw[i,]) ~ group)
    pValues <- c(pValues, t$p.value)
  },
  error = function(err) {
    pValues <- c(pValues, "NA")
    message("Error")
    return(pValues)
  })}

它肯定会抛出一个错误 [我在 message("Error") 行中进行确认]。问题是向量 pValues 中没有任何“NA”，尽管它应该有。

预先感谢您的帮助!

Answer 1

pvalues在你的函数中是一个局部变量。您可以使用 <<- 解决此问题, 但最好让函数只返回一个所需的值，并使用 sapply 在函数外部收集它们.也许是这样的(未经测试):

pValues <- sapply(rownames(collapsed.gs.raw), function(i) {
  tryCatch({
    t.test(as.numeric(collapsed.gs.raw[i,]) ~ group)$p.value
  },
  error = function(err) {
    message("Error")
    return(NA)
  })
})