r - 如何获得 stan 中参数的完整边际分布

Question

当从 stan 启动标准示例时 webpage像下面这样:

schools_code <- '
  data {
   int<lower=0> J; // number of schools 
   real y[J]; // estimated treatment effects
   real<lower=0> sigma[J]; // s.e. of effect estimates 
 } 
 parameters {
   real theta[J]; 
   real mu; 
   real<lower=0> tau; 
 } 
 model {
   theta ~ normal(mu, tau); 
   y ~ normal(theta, sigma);
 } 
 '

  schools_dat <- list(J = 8, 
                 y = c(28,  8, -3,  7, -1,  1, 18, 12),
                 sigma = c(15, 10, 16, 11,  9, 11, 10, 18))

 fit <- stan(model_code = schools_code, data = schools_dat, 
           iter = 1000, n_chains = 4)

(这是从 here 获得的)

然而，这只为我提供了参数后验的分位数。所以我的问题是:如何获得其他百分位数？我猜它应该类似于 bugs(?)

评论:我试图引入标签stan，但是，我的声誉太低；)对此感到抱歉

Answer 1

从 rstan v1.0.3(尚未发布)开始，您将能够直接在 stanfit 对象上使用主力 apply() 函数由 stan() 函数生成的类。如果fit是从stan()获得的对象，那么例如，

apply(fit, MARGIN = "parameters", FUN = quantile, probs = (1:100) / 100)

或

apply(as.matrix(fit), MARGIN = 2, FUN = quantile, probs = (1:100) / 100)

前者将 FUN 应用于每个链中的每个参数，而后者在将 FUN 应用于每个参数之前组合链。如果您只对一个参数感兴趣，那么类似

beta <- extract(fit, pars = "beta", inc_warmup = FALSE, permuted = TRUE)[[1]]
quantile(beta, probs = (1:100) / 100)

是一个选项。