r - knitr 文档中 install.packages 失败 : "trying to use CRAN without setting a mirror"

Question

使用以下代码我得到了我想要的数据，但由于某种原因我无法弄清楚knitr不允许我编译PDF文档，如下所示:

我的代码:

install.packages("weatherData")
library(weatherData)
istanbul <- getWeatherForDate("Istanbul",
                              start_date = Sys.Date() - 41, 
                              end_date = Sys.Date())

工作没有问题，但我在尝试编译 PDF 时收到以下消息:

Quitting from lines 3-31 (ist_weather.spin.Rmd) 
Error in contrib.url(repos, type) : 
  trying to use CRAN without setting a mirror
Calls: <Anonymous> ... eval -> eval -> install.packages -> grep -> contrib.url
Execution halted

Answer 1

Knit 生成一个 R session ，没有默认的 cran 镜像，除非您特别要求一个。当我们使用 Rstudio 时，我们往往会忘记我们需要为每个 R session 设置 CRAN，因为它会处理它，但仅用于交互式使用，而不用于 knit。

您可以尝试将镜像指定为 install.packages 参数:

install.packages("weatherData",repos = "http://cran.us.r-project.org")

或者，您可以在 .Rprofile 中设置默认 CRAN 镜像。请参阅this answer .

也就是说，通过您可能会编译多次的 knitr 文档安装软件包并不是一个好主意。您应该假设人们知道如何在需要时安装丢失的软件包，或者至少在再次安装之前测试该软件包是否已安装

if(!require(weatherData)) install.packages("weatherData",repos = "http://cran.us.r-project.org")