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假设您有一个无法清晰呈现的 R markdown 文档。
我知道您可以将 knitr
block 选项 error
设置为 TRUE
以请求继续评估,即使存在错误也是如此。您可以通过 error = TRUE
对单个 block 执行此操作,或者通过 knitr::opts_chunk$set(error = TRUE)
以更全局的方式执行此操作。
但有时存在的错误对于编织过程来说仍然是致命的。我最近遇到的两个例子:尝试 unlink()
当前工作目录(哎呀!)并在 RStudio 运行时从内联 R 代码调用 rstudioapi::getVersion()
无法使用。是否有对此类错误的一般描述,即那些超出 error = TRUE
范围的错误?有没有办法容忍内联 R 代码与 block 中的错误?
此外,在这种情况下是否有更多官方方法可以提前停止编织或自动调试?
最佳答案
要提前退出编织过程,您可以在源文档中的任何位置(在代码块或内联表达式中)使用函数 knitr::knit_exit() 。一旦调用 knit_exit()
,knitr 将忽略文档的所有其余部分并写出迄今为止收集的结果。
目前无法容忍内联 R 代码中的错误。您需要确保内联 R 代码始终运行而不会出现错误1。如果确实发生错误,您应该会在控制台的 knitr 日志中看到产生错误的行范围,格式为 Quitting fromlines x1-x2 (filename.Rmd)
.然后您可以转到文件 filename.Rmd
并查看从 x1
到 x2
的行有什么问题。同样的情况也适用于带有 block 选项 error = FALSE
的代码块。
除了上面提到的错误类型之外,找到问题的根源可能很棘手。例如,当您无意中 unlink()
当前目录时,它不应该停止编织过程,因为 unlink()
无论如何都会成功。编织过程后您可能会遇到问题,例如 LaTeX/HTML 找不到输出图形文件。在这种情况下,您可以尝试将 knit_exit()
应用于文档中的所有代码块。实现此目的的一种方法是设置一个 block 钩子(Hook)以在特定 block 之后运行 knit_exit() 。下面是使用线性搜索的示例(您可以通过使用二分法来改进它):
#' Render an input document chunk by chunk until an error occurs
#'
#' @param input the input filename (an Rmd file in this example)
#' @param compile a function to compile the input file, e.g. knitr::knit, or
#' rmarkdown::render
knit_debug = function(input, compile = knitr::knit) {
library(knitr)
lines = readLines(input)
chunk = grep(all_patterns$md$chunk.begin, lines) # line number of chunk headers
knit_hooks$set(debug = function(before) {
if (!before) {
chunk_current <<- chunk_current + 1
if (chunk_current >= chunk_num) knit_exit()
}
})
opts_chunk$set(debug = TRUE)
# try to exit after the i-th chunk and see which chunk introduced the error
for (chunk_num in seq_along(chunk)) {
chunk_current = 0 # a chunk counter, incremented after each chunk
res = try(compile(input))
if (inherits(res, 'try-error')) {
message('The first error came from line ', chunk[chunk_num])
break
}
}
}
<小时/>
error = TRUE
是个好主意,因为有时我们想要显示错误,例如出于教学目的。但是,如果我也允许内联代码出现错误,那么作者可能无法识别内联代码中的 fatal error 。内联代码通常用于嵌入内联值,并且我认为如果内联值是错误,那么它没有多大意义。想象一下报告中的一句话,例如The P-value of my test is ERROR
,如果knitr没有发出错误信号,则需要作者阅读报告非常仔细地输出以发现这个问题。我认为必须依靠人眼来发现此类错误是一个坏主意。关于r - 编制 Rmd 文件时如何请求提前退出?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/33705662/
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