R 和 HDF5 问题

Question

我正在尝试将 hdf5 加载到 R 中并遇到一些问题。以下是我配置环境所采取的步骤:

• Mac OS X 10.6 上的 R 2.10.0 (x64)
• 通过 macports 安装 hdf5 1.8.3
• 来自 CRAN 的 hdf5_1.6.9.tar.gz

我怀疑我遇到的问题与我的 HDF5 版本和 R 模块期望的版本不兼容有关。为了完整起见，以下是我安装 R 模块的方式:

R CMD INSTALL --configure-vars='CPPFLAGS=-I/opt/local/include' --configure-args='--with-hdf5=/opt/local' hdf5_1.6.9.tar.gz

这构建得很好。该库似乎加载没有问题，但当我尝试加载文件时没有返回数据:

library(hdf5)

hdf5load("test.h5")

NULL

然而，

osx:data scott$ h5dump test.h5 HDF5 "test.h5" { GROUP "/" { DATASET "dset" { DATATYPE H5T_STD_I32LE DATASPACE SIMPLE { ( 31 ) / ( 31 ) } DATA { (0): 1, 2, 4, 8, 16, 32, 64, 128, 256, 512, 1024, 2048, 4096, 8192, (14): 16384, 32768, 65536, 131072, 262144, 524288, 1048576, 2097152, (22): 4194304, 8388608, 16777216, 33554432, 67108864, 134217728, (28): 268435456, 536870912, 1073741824 } } } }

有什么想法吗？

提前致谢。

Answer 1

您还可以尝试 CRAN 上的 h5r 软件包。该软件包使用新的 hdf5 库，并提供比 hdf5 库更多的功能。