wildcard - 如何获取snakemake输出规则中通配符值的基本名称？

Question

在以下示例中，将在与输入文件相同的位置创建输出文件。有没有办法获取输出部分中通配符值的基本名称，以便我可以使用输入文件的基本名称来命名输出文件，但将其写入不同的位置？

infile=['/home/user/folder1/file1','/home/user/folder2/file2/']

rule one:
 input: expand("{myfile}", myfile = infile)

 output: "{myfile}" + ".out"

 shell: "touch {wildcards.myfile}.out"

Answer 1

在 Snakemake 中有一个简单的方法可以使用 lambda 来做到这一点Python 的函数。

首先，您应该创建一个文件字典，以文件名作为键，以文件路径作为值，如下所示:

files = {'filesA' : 'path/to/fileA.ext', 'filesB' : 'path/to/fileB.ext'}

这个字典可以在snakefile中，也可以在配置文件中。我建议把它放在配置文件中并像这样调用 config['dict_name']

现在让我们使用 lambda 编写规则功能:

rule all : 
 input :
   #If you want to create in a different directory use this,
   #but it has to be like output from rule one. 
   #expand('{directory}{filename}{extension}',
           #directory = 'path/to/newdir',
           #filename = config['dictname'].keys(),
           #extension = '.out')
   #Otherwise
   expand('{filename}{extension}',
          filename = config['dictname'].keys(),
          extension = '.out')
rule one:
 input: lambda wildcards: config['dictname'][wildcards.input]

 output: "{input}" + ".out"

 message: "Executing one using {input}"

 shell: "touch {input}.out"

在代码中您有两个规则，第一个名为 all将被执行。因此，当您启动snakemake时它将想要获取与 expand 创建的列表相对应的文件列表。功能。

Snakemake 将查看规则是否生成该文件列表，如果不是，它将在目录中搜索它们。正如您所看到的，您可以使用 expand 指定您想要的一切。目录、文件名、后缀、前缀、扩展名...

在此示例中，Snakemake 想要一些文件名为键字典且扩展名为 .out 的文件。 。规则one是产生它们的完美规则。

规则one工作原理如下:对于字典的每个键，都将执行该规则。输入部分中的 lambda 函数就起到了这个作用。根据记录，通配符可以被称为任何你想要的 input这只是一个例子。

为了更优雅，您可以将 lambda 函数的内容放入变量中，如下所示:

_input_One = lambda wildcards: config['dictname'][wildcards.input]

然后像这样编写规则一输入:

input: _input_One 

有关更多信息，请查看 https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/ 上的文档

雨果