r - 针织/rmarkdown/ latex : How to cross-reference figures and tables?

Question

我正在尝试交叉引用使用knitr/rmarkdown 生成的PDF 中的图形和表格。关于 SO 和 tex.stackexchange 有一些问题(例如 here 和 here )，建议内联执行此操作的方法是添加 \ref{fig:my_fig} ，其中my_fig 是 block 标签。但是，当我在 rmarkdown 文档中尝试这样做时，我得到了 ?? 数字应该在的位置。我想了解如何使交叉引用正常工作。

下面是一个可重现的示例。有两个文件:rmarkdown 文件加上我包含的 header.tex 文件，以防万一它影响答案(尽管我有同样的问题，无论我是否包含是否包含 header.tex 文件)。

在rmarkdown 文件中存在三个交叉引用示例。示例 1 是交叉引用失败的图形(显示 ?? 而不是图形编号)。还有第二个注释掉的尝试(基于 this SO answer )，我尝试在 block 之前和之后使用 latex 标记设置图形环境、标签和标题，但这会导致当我尝试编织文档时 pandoc 错误。错误是:

! Missing $ inserted.
<inserted text> 
                $
l.108 ![](testCrossRef_

示例 2 使用 xtable 和交叉引用工作。示例 3 使用 kable 并且交叉引用失败。

本文底部包含 PDF 输出的屏幕截图。

rmarkdown 文件

---
title: | 
  | My Title  
author: | 
  | eipi10  
  | Department of Redundancy Department  
date: "`r format(Sys.time(), '%B %e, %Y')`"
output: 
  pdf_document:
    fig_caption: yes
    includes:
      in_header: header.tex
    keep_tex: yes
fontsize: 11pt
geometry: margin=1in
graphics: yes
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE, message=FALSE, warning=FALSE, fig.height=2, fig.width=4)
```

# Example 1. Figure

This is a report. Take a look at Figure \ref{fig:fig1}.  

```{r fig1, echo=FALSE, fig.cap="This is a caption"}
plot(mtcars$wt, mtcars$mpg)
```

<!-- Now, let's take a look at this other plot in Figure \ref{fig:fig2}. -->

<!-- \begin{figure} -->
<!-- ```{r fig2, echo=FALSE} -->
<!-- plot(mtcars$cyl, mtcars$mpg) -->
<!-- ``` -->
<!-- \caption{This is another caption} -->
<!-- \label{fig:fig2} -->
<!-- \end{figure} -->

# Example 2: `xtable`

Some more text. See Table \ref{tab:tab1} below. 

```{r echo=FALSE, results="asis"}
library(xtable)
print.xtable(
  xtable(mtcars[1:3,1:4], label="tab:tab1", caption="An xtable table"), 
  comment=FALSE)
```

# Example 3: `kable`

Some more text. See Table \ref{tab:tab2} below. 

```{r tab2, echo=FALSE}
library(knitr)
kable(mtcars[1:3,1:4], caption="A `kable` table")
```

header.tex 文件

% Caption on top
% https://tex.stackexchange.com/a/14862/4762
\usepackage{floatrow}
\floatsetup[figure]{capposition=top}
\floatsetup[table]{capposition=top}

PDF输出

Answer 1

您可以使用输出格式 bookdown::pdf_document2 而不是 pdf_document，引用图形的语法为 \@ref(fig:chunk-标签)；有关详细信息，请参阅文档:https://bookdown.org/yihui/bookdown/figures.html