r - 使用 "old"ggplot2 代码

Question

我用 ggplot 0.8.9 制作了大量的图形(我仍在运行)。现在我需要修改这些数字以包含图例。我遇到了各种难以解决的问题，因为我对 theme 和 opts 以及许多适用于更高版本的 SO 答案感到非常困惑。

此时，似乎我需要更新 ggplot2 并重写所有代码，以便我可以在图形上添加图例。 这是真的吗？我已经阅读了 ggplot2 转换指南，它看起来很真实。

这是旧代码的样子(不产生图例):为了重现性，这里是数据:mean10v2和 stderr10 .

me10<-read.table("mean10v2.txt", header=TRUE)
se10<-read.table("stderr10.txt", header=TRUE)

ggplot() +
geom_ribbon(aes(x = me10[me10$trt=="CC", "tu"], ymin=(me10[me10$trt=="CC", "biomassA"]-    
  se10[se10$trt=="CC", "biomassA"]), ymax=(me10[me10$trt=="CC",  
  "biomassA"]+se10[se10$trt=="CC", "biomassA"])), alpha=0.25) +
geom_line(aes(me10[me10$trt=="CC", "tu"], y=me10[me10$trt=="CC", "biomassA"]), size=1)+  
geom_ribbon(aes(x = me10[me10$trt=="PF", "tu"], ymin=(me10[me10$trt=="PF", "biomassA"]- 
  se10[se10$trt=="PF", "biomassA"]), ymax=(me10[me10$trt=="PF", 
  "biomassA"]+se10[se10$trt=="PF", "biomassA"])), alpha=0.25) +
geom_line(aes(me10[me10$trt=="PF", "tu"], y=me10[me10$trt=="PF", "biomassA"]), 
  colour="red2", linetype="dashed", size=1) + 
geom_ribbon(aes(x = me10[me10$trt=="P", "tu"], ymin=(me10[me10$trt=="P", "biomassA"]-
  se10[se10$trt=="P", "biomassA"]), ymax=(me10[me10$trt=="P",   
  "biomassA"]+se10[se10$trt=="P", "biomassA"])), alpha=0.25) +
geom_line(aes(me10[me10$trt=="P", "tu"], y=me10[me10$trt=="P", "biomassA"]),    
  colour="blue3", linetype="dotted", size=1) + 
opts(panel.grid.minor = theme_blank()) +
opts(panel.grid.major = theme_blank()) +
opts(panel.background = theme_blank()) +
opts(axis.line = theme_segment()) +
opts(legend.position=c(.5,.5)) +
opts(axis.title.x = theme_text(size=12,vjust=-0.5)) +
opts(axis.title.y = theme_text(size=12,angle=90)) +
opts(axis.text.x = theme_text(colour="black", size=16)) +
opts(axis.text.y = theme_text(colour="black", size=16)) +
annotate("text", x = -Inf, y = Inf, label = "a", face="bold", hjust = -5, vjust=2, size     
  = 9) + 
ylab("") +
xlab("") +
ylim(0,2200)

Answer 1

更新主题部分实际上非常简单。您实际上只需将 opts() 更改为 theme() 并将 theme_* 替换为 element_* 即可。其他一些名称已更改，例如您将使用 element_line 而不是 theme_segment。

但更一般地说，您使用的 ggplot 都是错误的:

my_df <- me10[,c('trt','tu','biomassA')]
my_se <- setNames(se10[,c('trt','tu','biomassA')],c('trt','tu','se'))

my_df <- merge(my_df,my_se)

ggplot(data = my_df,aes(x = tu,y = biomassA)) + 
    geom_ribbon(aes(group = trt,ymin = biomassA - se,ymax = biomassA + se),alpha = 0.25) + 
    geom_line(aes(group = trt,linetype = trt,colour = trt)) + 
    labs(x = "",y = "") + 
    ylim(0,2200) + 
    theme(panel.grid.major = element_blank(),
          panel.grid.minor = element_blank(),
          panel.background = element_blank(),
          axis.line = element_line(),
          legend.position=c(.5,.5),
          axis.title.x = element_text(size=12,vjust=-0.5),
          axis.title.y = element_text(size=12,angle=90),
          axis.text.x = element_text(colour="black", size=16),
          axis.text.y = element_text(colour="black", size=16)) + 
    annotate("text", x = -Inf, y = Inf, label = "a", face="bold", hjust = -5, vjust=2, size = 9)

请注意，这是多么干净，将数据放入适当的形式只需要三行。另请注意，绝对没有必要为每个……单个……事物……重复调用 opts() 或 theme() ....设置。

然后，如果您想为每个组选择特定的颜色/线型，您可以使用比例函数来实现，而不是单独设置它们:

+ scale_colour_manual(values = c('black','red2','blue3')) + 
  scale_linetype_manual(values = c('solid','dashed','dotted'))