r - R 调试的一般建议

Question

使用我编写的 R 函数时出现错误:

Warning messages:
1: glm.fit: algorithm did not converge 
2: glm.fit: algorithm did not converge 

我做了什么:

1. 逐步执行该函数
2. 添加 print 来查明错误发生在哪一行，这表明两个函数不应使用 glm.fit。它们是 window() 和 save()。

我的一般方法包括添加 print 和 stop 命令，并逐行单步执行函数，直到找到异常。

但是，我不清楚使用这些技术时代码中的错误来自何处。我什至不确定代码中的哪些函数依赖于glm.fit。我该如何诊断这个问题？

Answer 1

我想说调试是一种艺术形式，所以没有明确的 Elixir 。任何语言都有很好的调试策略，它们也适用于这里(例如 read this nice article )。例如，第一件事是重现问题...如果您做不到这一点，那么您需要获取更多信息(例如通过日志记录)。一旦您可以重现它，您需要将其减少到源代码。

我想说的是，我有一个最喜欢的调试例程，而不是“技巧”:

1. 当发生错误时，我通常做的第一件事是通过调用 traceback() 查看堆栈跟踪:这会显示错误发生的位置，如果您有多个错误，这尤其有用嵌套函数。
2. 接下来我将设置选项(error=recover)；这会立即切换到发生错误的浏览器模式，以便您可以从那里浏览工作区。
3. 如果我仍然没有足够的信息，我通常使用 debug() 函数并逐行执行脚本。

R 2.10 中最好的新技巧(使用脚本文件时)是使用 findLineNum() 和 setBreakpoint() 函数。

作为最后的评论:根据错误，围绕外部函数调用设置 try() 或 tryCatch() 语句也非常有帮助(特别是在处理与 S4 类(class))。这有时会提供更多信息，并且还可以让您更好地控制运行时如何处理错误。

这些相关问题有很多建议:

• Debugging tools for the R language
• Debugging lapply/sapply calls
• Getting the state of variables after an error occurs in R
• R script line numbers at error?