r-markdown - 如何将 R Markdown 文件转换为PDF文件？

Question

我之前曾询问过 commands for converting R Markdown to HTML 。

将 R Markdown 文件转换为 PDF 文档的好方法是什么？

一个好的解决方案会保留尽可能多的内容(例如图像、方程、html 表格等)。该解决方案需要能够从命令行运行。一个好的解决方案还应该是跨平台的，并且理想情况下最大限度地减少依赖关系，以便更容易共享 makefile 等。

具体来说，有很多选择:

• 是否将 RMD 转换为 MD 转换为 HTML 转换为 PDF；或 RMD 转 MD 转 PDF；或 RMD 转 PDF
• 如果在 R 中使用 markdown 包，需要指定哪些选项
• 是否使用 pandoc、R 内置包或其他内容

这是一个示例 rmd file这大概为任何提议的解决方案提供了合理的测试。它被用作 this blog post 的基础.

Answer 1

更新答案(2013 年 2 月 10 日)

Markdown 包:现在有一个rmarkdown package available on github与 Pandoc 接口(interface)。它包含一个渲染函数。该文档非常清楚地说明了如何将 rmarkdown 转换为 pdf 等一系列其他格式。这包括在 rmarkdown 文件中包含输出格式或运行向 rend 函数提供输出格式。例如，

render("input.Rmd", "pdf_document")

命令行:当我从命令行运行 render 时(例如，使用 makefile)，有时会遇到找不到 pandoc 的问题。据推测，它不在搜索路径上。以下答案解释how to add pandoc to the R environment .

例如，在我运行 OSX 的计算机上，我通过 RStudio 获得了 pandoc 的副本，我可以使用以下命令:

Rscript -e "Sys.setenv(RSTUDIO_PANDOC='/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/pandoc');library(rmarkdown);  library(utils); render('input.Rmd', 'pdf_document')"

<小时/>

旧答案(大约 2012 年)

因此，许多人建议 Pandoc 是最佳选择。请参阅下面的注释，了解拥有最新版本的 Pandoc 的重要性。

使用 Pandoc

我使用以下命令将 R Markdown 转换为 HTML(即 a variant of this makefile )，其中 RMDFILE 是不带 .rmd 的 R Markdown 文件的名称组件(它还假设扩展名是 .rmd 而不是 .Rmd)。

RMDFILE=example-r-markdown  
Rscript -e "require(knitr); require(markdown); knit('$RMDFILE.rmd', '$RMDFILE.md'); markdownToHTML('$RMDFILE.md', '$RMDFILE.html', options=c('use_xhml'))"

然后使用此命令转换为 pdf

Pandoc -s example-r-markdown.html -o example-r-markdown.pdf

<小时/>关于此的一些注意事项:

• 我删除了示例文件中将绘图导出到 imgur 以托管图像的引用。
• 我删除了对 imgur 上托管的图像的引用。数字似乎需要是本地的。
• markdownToHTML 函数中的选项意味着图像引用是对文件的引用，而不是对 HTML 文件中存储的数据的引用(即，我从选项中删除了 'base64_images'列表)。
• 结果输出看起来像 this 。它显然制作了一个非常 LaTeX 风格的文档，与我从浏览器将 HTML 文件打印为 pdf 时得到的文档形成鲜明对比。

获取最新版本的 Pandoc

正如 @daroczig 所提到的，为了输出 pdf，拥有最新版本的 Pandoc 非常重要。截至 2012 年 6 月 15 日，在 Ubuntu 上，我在包管理器中一直使用 Pandoc 1.8.1 版本，但似乎来自 change log要获得 pdf 支持，您至少需要 1.9+ 版本的 Pandoc。

因此，我安装了caball-install。然后运行:

cabal update
cabal install pandoc

Pandoc 安装在 ~/.cabal/bin/pandoc因此，当我运行 pandoc 时，它仍然看到旧版本。请参阅此处 adding to the path .