r - igraph layout.fruchterman.reingold 离群值(包含示例图像)

Question

有时，当使用布局算法(例如layout.fruchterman.reingold)时，您可能会得到一些离群值的节点，因为它们从结构的其余部分不成比例地延伸出来。有谁知道如何对边缘施加最大长度(例如=1)，以便边缘不能超过最大长度，从而删除这些异常值？

l <- layout.fruchterman.reingold(subgraph)

顺便说一句，我知道已经使用比例因子来调整事物:

l <- layout.fruchterman.reingold(subgraph) * scaleFactor

Answer 1

Fruchterman-Reingold 算法中没有内置功能(我怀疑使用 xmin、ymin、xmax和 ymax 不起作用，因为它可能只是“压缩”网络的非异常值部分，为异常值腾出更多空间)，但您可以尝试使用边缘权重。当FR布局算法与权重一起使用时，算法会努力使权重较大的边变得更短。您可以尝试将“离群”顶点(即度数 = 1 或 2 的顶点)上的权重设置为较小的值。另一种可能性是使边权重取决于两个端点的度数，以便较小的度数映射到较小的值，但较大的度数不会映射到不成比例的较大值 - 可能是度数的几何平均值这两个端点在这里可能很有用。但据我所知，没有“通用”解决方案，因此您必须进行一些尝试。