r - 总结所有列

Question

我有以下格式的数据:

gen = function () sample.int(10, replace = TRUE)
x = data.frame(A = gen(), C = gen(), G = gen(), T = gen())

我现在想将行中所有元素的总和附加到每一行(我的实际函数更复杂，但 sum 说明了问题)。

如果没有 dplyr，我会写

cbind(x, Sum = apply(x, 1, sum))

结果:

   A C  G T Sum
1  3 1  6 9  19
2  3 4  3 3  13
3  3 1 10 5  19
4  7 2  1 6  16
…

但是用 dplyr 来做到这一点似乎出人意料地困难。

我已经尝试过

x %>% rowwise() %>% mutate(Sum = sum(A : T))

但结果并不是每行列的总和，这是意想不到的并且(对我来说)令人费解的。

我也尝试过

x %>% rowwise() %>% mutate(Sum = sum(.))

但在这里，. 只是整个 x 的占位符。不出所料，提供no参数也不起作用(结果都是0)。不用说，如果没有 rowwise()，这些变体都无法工作。

(实际上没有任何理由必须在 dplyr 中执行此操作，但是(a)我希望尽可能保持代码统一，并且在不同的 API 之间跳转并没有帮助；(b)我我希望有一天能够在 dplyr 中自动且免费地并行化此类命令。)

Answer 1

我曾经做过类似的事情，当时我的结果是:

x %>%
  rowwise() %>%
  do(data.frame(., res = sum(unlist(.))))
#    A  C G  T res
# 1  3  2 8  6  19
# 2  6  1 7 10  24
# 3  4  8 6  7  25
# 4  6  4 7  8  25
# 5  6 10 7  2  25
# 6  7  1 2  2  12
# 7  5  4 8  5  22
# 8  9  2 3  2  16
# 9  3  4 7  6  20
# 10 7  5 3  9  24

<小时/>

也许您的更复杂的函数无需 unlist 即可正常工作，但似乎对于 sum 来说这是必要的。因为 . 指的是“当前组”，所以我最初认为 . 例如rowwise 机制中的第一行对应于 x[1, ]，它是一个列表，sum 在 之外愉快地吞下它做

is.list((x[1, ]))
# [1] TRUE

sum(x[1, ])
# [1] 19 

但是，如果 do 中没有 unlist ，则会生成错误，我不确定为什么:

x %>%
  rowwise() %>%
  do(data.frame(., res = sum(.)))
# Error in sum(.) : invalid 'type' (list) of argument