r - R 中的 fread 错误 - 字符串 : '\0' 中嵌入 nul

Question

我正在尝试读取 >4GB 的 csv 文件，但是，当我使用 fread 命令时，它会产生错误

library(data.table)
csv1 <- fread("cleaned.csv",sep = ",",colClasses = "character",showProgress = TRUE)

错误: 在字符串中嵌入 nul:'\0'

经过一番查找，我发现你可以使用 sed 函数比如这个stackoverflow Question但我不知道如何在我的场景中使用它。请帮忙!

更新:我尝试使用下面评论中所述的 sed 函数，但是，它们抛出了错误。

sed 无法刷新标准输出，设备上没有剩余空间

更新2:我在一些同事的帮助下解决了这个问题。但是，我仍然希望自动化此事件，因为我必须对每个文件重复该过程。预期的自动化要么来自 R 内部，要么使用 BASH 脚本。有什么建议吗？

Answer 1

csv 文件填充了 ^@ 并将它们放置在空白值内，不知何故无法通过 sed 命令 搜索或替换它们来解决问题，我遵循了以下解决方案。

在linux中，跟随文件目录并使用vim命令，例如，

vim 文件名.csv

:%s/CTRL+2//g

ESC#从插入模式切换

:wq # 保存文件

我必须为每个文件手动执行此操作。但是，我仍在寻找一种在 R 中或使用 BASH 脚本自动执行此操作的方法。