r - 在 R 中如何将稀疏矩阵写入文件？

Question

我有一个稀疏矩阵 A，作为 glmnet 函数的输出生成。当我打印矩阵 A 时，它显示所有条目，并在顶部显示 -

    1897 x 100 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
   [[ suppressing 32 column names 's0', 's1', 's2' ... ]]

但是，当我尝试查看矩阵的维度时，它显示 NULL:

> dim(A)
NULL

因此，如果我使用 as.matrix 将其转换为常规矩阵并写入文件，则会出现错误:

as.matrix(fit$A[,1])
Error in as.matrix(fit$A[, 1]) : 
  error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'as.matrix': Error in fit$A[, 1] : incorrect number of dimensions

如何获取这个稀疏矩阵中的值并写入文件？

我在glmnet函数中进行多项回归(family =“multinomial”)时遇到这个问题。然而，当我进行 binomail 回归(family =“binomial”)时，这工作得很好。

另外，我尝试过 writeMM 函数。这也不起作用:

> library('Matrix')
> writeMM(fit$A,file='test.txt')
Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function 'writeMM' for signature '"list"'

Answer 1

您可以使用writeMM和readMM来读取和写入稀疏矩阵，因此无需将其强制转换为矩阵。

writeMM(fit$A,file='test.txt')
readMM(file='test.txt')

编辑在多项式中，glmnet 返回系数列表。所以你需要循环这个列表并写下每个系数。这是一个例子:

library(glmnet)
g4=sample(1:4,100,replace=TRUE)
fit3=glmnet(x,g4,family="multinomial")
lapply(seq_along(fit3$beta),function(x)
       writeMM(fit3$beta[[x]],file=paste0('coef.beta',x,'.txt')))