r - R 中的命名空间和泛型函数

Question

这个问题在某种程度上是 this question 的后续问题。 。考虑以下示例

set.seed(1)
x <- cumsum(rnorm(10))
y <- stats::arima(x, order = c(1, 0, 0))
length(stats::fitted(y))
[1] 0

到目前为止一切顺利:返回零，因为 R 现在不知道如何在 Arima 类的对象上使用 stats::fitted。

接下来在我的代码中，我需要 forecast 包中的一个函数。我没有附加包，只是使用 :: 符号加载它。在下面的代码中，我将使用 requireNamespace 直接加载它。

requireNamespace("forecast", quietly = TRUE)
length(stats::fitted(y))
[1] 10

突然，同一个命令返回不同的结果。我理解为什么会发生这种情况(我希望我说的是正确的):通过加载 forecast 包，通用函数 fitted 的新方法(即 fitted. Arima)被加载到命名空间中，这会导致不同的结果。

对我来说，这种行为非常烦人:有没有办法为fitted选择一种特定的方法？我读过this chapter但没有弄清楚如何规避这个问题。

我还尝试从命名空间卸载 forecast 包，但没有成功:

unloadNamespace("forecast")
length(stats::fitted(y))
[1] 10

似乎一旦我加载了包，我就无法使用fitted的旧方法了。我想知道如何处理这些情况。

编辑

正如 unloadNamespace("forecast") 之后的评论所指出的，我明白了

isNamespaceLoaded("forecast")
[1] FALSE

但是安装的methods仍然包括fitted.Arima。

Answer 1

@CalumYou 完全正确地指出，卸载命名空间不会删除为另一个包中定义的 S3 泛型注册的 S3 方法。如果您有兴趣，这里更详细地介绍了这种情况的发生方式和原因。

加载forecast包后，它定义的所有方法都会“注册”在各种不同命名空间的数据库中。 R 遵循的规则是方法在定义其 S3 泛型的包的命名空间中注册。由于 fitted() 泛型是在 stats 中定义的，因此这是在名为 的环境中注册由 forecast 定义的新方法的地方.__S3MethodsTable__.。分离或卸载 forecast 不会影响 stats 包(如果您考虑一下，这可能是一个总体明智的设计决策)，但不幸的后果是 fitted.Arima 方法(以及许多其他方法)仍然在其 .__S3MethodsTable__ 中注册。

要了解情况确实如此，请查看以下内容:

isNamespaceLoaded("forecast")
## [1] FALSE
ls(stats:::.__S3MethodsTable__., pattern = "fitted")
## [1] "fitted.default"       "fitted.isoreg"        "fitted.kmeans"       
## [4] "fitted.nls"           "fitted.smooth.spline"

## Loading the forecast namespace registers new 'fitted' methods ...
requireNamespace("forecast", quietly = TRUE)
isNamespaceLoaded("forecast")
## [1] TRUE
ls(stats:::.__S3MethodsTable__., pattern = "fitted")
##  [1] "fitted.ar"              "fitted.Arima"           "fitted.arma"           
##  [4] "fitted.bats"            "fitted.default"         "fitted.ets"            
##  [7] "fitted.fracdiff"        "fitted.garch"           "fitted.gls"            
## [10] "fitted.glsStruct"       "fitted.gnls"            "fitted.gnlsStruct"     
## [13] "fitted.isoreg"          "fitted.kmeans"          "fitted.lagwalk"        
## [16] "fitted.lme"             "fitted.lmeStruct"       "fitted.lmList"         
## [19] "fitted.modelAR"         "fitted.nlmeStruct"      "fitted.nls"            
## [22] "fitted.nnetar"          "fitted.quantmod"        "fitted.smooth.spline"  
## [25] "fitted.tbats"           "fitted.tslm"            "fitted.values.quantmod"

## ... which are left behind even when the forecast namespace is unloaded
unloadNamespace("forecast")
isNamespaceLoaded("forecast")
## [1] FALSE
ls(stats:::.__S3MethodsTable__., pattern = "fitted")
##  [1] "fitted.ar"              "fitted.Arima"           "fitted.arma"           
##  [4] "fitted.bats"            "fitted.default"         "fitted.ets"            
##  [7] "fitted.fracdiff"        "fitted.garch"           "fitted.gls"            
## [10] "fitted.glsStruct"       "fitted.gnls"            "fitted.gnlsStruct"     
## [13] "fitted.isoreg"          "fitted.kmeans"          "fitted.lagwalk"        
## [16] "fitted.lme"             "fitted.lmeStruct"       "fitted.lmList"         
## [19] "fitted.modelAR"         "fitted.nlmeStruct"      "fitted.nls"            
## [22] "fitted.nnetar"          "fitted.quantmod"        "fitted.smooth.spline"  
## [25] "fitted.tbats"           "fitted.tslm"            "fitted.values.quantmod"

(相关问题和解答，see here。)