r - 如何在R中处理hdf5文件？

Question

我有一个 hdf5 格式的文件。我知道它应该是一个矩阵，但我想在 R 中读取该矩阵以便我可以研究它。我看到有一个 h5r 包应该可以帮助解决这个问题，但我没有看到任何简单易读/理解的教程。网上有这样的教程吗？具体来说，如何使用此包读取 hdf5 对象，以及如何实际提取矩阵？

更新

我发现了一个包 rhdf5，它不是 CRAN 的一部分，而是 BioConductoR 的一部分。界面相对更容易理解，文档和示例代码也很清晰。我可以毫无问题地使用它。我的问题似乎是输入文件。我想要读取的矩阵实际上作为 python pickle 存储在 hdf5 文件中。因此，每次我尝试打开它并通过 R 访问它时，我都会遇到段错误。我确实弄清楚了如何将 python 中的矩阵保存为 tsv 文件，现在问题已经解决了。

Answer 1

rhdf5 包运行得非常好，尽管它不在 CRAN 中。从 Bioconductor 安装它

# as of 2020-09-08, these are the updated instructions per
# https://bioconductor.org/install/

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("rhdf5")

并使用它:

library(rhdf5)

列出文件中的对象以查找您要读取的数据组:

h5ls("path/to/file.h5")

读取HDF5数据:

mydata <- h5read("path/to/file.h5", "/mygroup/mydata")

和inspect the structure :

str(mydata)

(请注意多维数组 may appear transposed )。您还可以读取组，这些组将在 R 中命名为列表。