command-line - R - 将 R 输出的元素捕获到文本文件中

Question

我尝试通过命令行调用 R 来运行分析，如下所示:

R --no-save < SampleProgram.R > SampleProgram.opt

例如，考虑下面的简单 R 程序:

mydata = read.csv("test.txt", header=T)
attach(mydata)
summary(Variable1)
q()

输出显示在 SampleProgram.opt 中(仅部分显示):

> mydata = read.csv("test.txt", header=T)
> attach(mydata)
> summary(Variable1)
   Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max.
   1.00    1.00    2.00    2.47    3.00    4.00
> q()

这个简单的 R 程序将由需要使用为 Variable1 显示的摘要统计信息的脚本执行。

问题是:R中有没有办法捕获summary(Variable1)的输出并将结果写入输出文件？换句话说，我需要 R 运行 Variable1 的汇总统计，捕获“Min”、“Median”和“Max”值，并将这些值单独写入输出文本文件。在此示例中，输出文件应仅包含一行，其值为“1.00、2.00、4.00”(即“最小值”、“中值”和“最大值”)。

上面的例子讨论了汇总函数。但是，我还需要使用其他命令(例如 glm)来执行此操作

我对 R 相当陌生，想知道 R 中是否有办法可以做到这一点？

感谢您的帮助。

Answer 1

一个简单的方法是将要打印的输出转换为文件，并通过 capture.output 将其转换为文本字符串。然后你可以简单地将输出cat到文件中。

dat<-data.frame(a=rnorm(100),b=rnorm(100),c=rnorm(100))
mod<-lm(a~b+c,data=dat)
out<-capture.output(summary(mod))
cat(out,file="out.txt",sep="\n",append=TRUE)
out<-capture.output(vcov(mod))
cat(out,file="out.txt",sep="\n",append=TRUE)

这将创建一个文件 out.txt，其中包含

Call:
lm(formula = a ~ b + c, data = dat)

Residuals:
     Min       1Q   Median       3Q      Max 
-2.67116 -0.81736 -0.07006  0.76551  2.91055 

Coefficients:
            Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept)  0.01196    0.11724   0.102    0.919
b            0.11931    0.12601   0.947    0.346
c           -0.09085    0.13267  -0.685    0.495

Residual standard error: 1.171 on 97 degrees of freedom
Multiple R-squared: 0.0183, Adjusted R-squared: -0.001944 
F-statistic: 0.9039 on 2 and 97 DF,  p-value: 0.4084 

              (Intercept)             b             c
(Intercept)  0.0137444761 -0.0006929722 -0.0005721338
b           -0.0006929722  0.0158784141  0.0042188705
c           -0.0005721338  0.0042188705  0.0176018744