r - Sexpr 中的错误处理

Question

如何允许 \Sexpr 中出现错误？

我有一个knitr文档。本文档的一小部分涉及到无法共享的文件。因此，每当为某个依赖于正在读取的文件的对象 a 调用 \Sexpr{a} 时，它都会返回错误。我希望 \Sexpr 打印它遇到了错误。

例如，

\documentclass{article}
\usepackage{xcolor}  % for red

\begin{document}

<<>>=
x <- 1
@

The value of $x$ is \Sexpr{x}

<<>>=
a <- scan("secret_file.txt")
@
The value of $a$ is \Sexpr{a}.

\end{document}

不会编译(当 secret_file.txt 不存在时)。我希望输出看起来像:

我认为更改 inline 钩子(Hook)会起作用，但放置以下 block 没有任何区别。

<<Sexpr-setup>>=
library(knitr)
knit_hooks$set(inline = function(x){
  out <- tryCatch(
    {
      if (is.numeric(x)) 
        x = round(x, getOption("digits"))
      paste(as.character(x), collapse = ", ")
    }, 
    error = function(cond){
      return("\\textcolor{red}{\\textbf{Sexpr error!}}")
      invisible(NULL)
    }, 
    warning = function(cond){
      return("\\textcolor{red}{\\textbf{Sexpr warning!}}")
      invisible(NULL)
    }
  )
  return(out)
})
@

自定义错误消息并不是必需的，只需从输出中清除错误并且不会阻止编译即可。我很高兴我可以将查找替换为类似 \Sexpr{XX() 的内容，并预先定义一个函数 XX() 来执行相同的 tryCatch > 机动，但我想 knitr could do this 。

<小时/>

在上面调用 knitr::knit 并应用回溯显示:

11: eval(expr, envir, enclos)
10: eval(parse_only(code[i]), envir = envir)
9: withVisible(eval(parse_only(code[i]), envir = envir))
8: inline_exec(block)
7: in_dir(opts_knit$get("root.dir") %n% input_dir(), inline_exec(block))
6: call_inline(x)
5: process_group.inline(group)
4: process_group(group)
3: withCallingHandlers(if (tangle) process_tangle(group) else process_group(group), 
       error = function(e) {
           setwd(wd)
           cat(res, sep = "\n", file = output %n% "")
           message("Quitting from lines ", paste(current_lines(i), 
               collapse = "-"), " (", knit_concord$get("infile"), 
               ") ")
       })
2: process_file(text, output)
1: knitr::knit("knitr-prevent-errors.Rnw", quiet = TRUE)

从下面的函数来看，错误似乎在

eval(parse_only(code[i]), envir = envir)

其中code[i]是a。我是否认为解决此问题的唯一方法是将 v = 开头的行更改为 tryCatch？

Answer 1

使用设置 block 中的选项 include=FALSE，以下内容对我有用，输出如下。如果它不适合你，我会删除帖子

\documentclass{article}
\usepackage{xcolor}  % for red


<<setup, include=FALSE>>= 
knit_hooks$set(inline = function(x) {

out <- tryCatch(
    {
      if (is.numeric(x)) 
        x = round(x, getOption("digits"))
      paste(as.character(x), collapse = ", ")
    }, 
    error = function(cond){
      return("\\textcolor{red}{\\textbf{Sexpr error!}}")
      invisible(NULL)
    }, 
    warning = function(cond){
      return("\\textcolor{red}{\\textbf{Sexpr warning!}}")
      invisible(NULL)
    }
  )

return(out)

})
@ 



\begin{document}

<<>>=
x <- 1
@

The value of $x$ is \Sexpr{x}

<<>>=
a <- scan("secret_file.txt")
@
The value of $a$ is \Sexpr{a}.

\end{document}

针织输出:

>knitr::knit("test.Rnw")


processing file: test.Rnw
  |.........                                                        |  14%
  ordinary text without R code

  |...................                                              |  29%
label: setup (with options) 
List of 2
 $ include: logi FALSE
 $ indent : chr "    "

  |............................                                     |  43%
  ordinary text without R code

  |.....................................                            |  57%
label: unnamed-chunk-1 (with options) 
List of 1
 $ indent: chr "    "

  |..............................................                   |  71%
   inline R code fragments

  |........................................................         |  86%
label: unnamed-chunk-2 (with options) 
List of 1
 $ indent: chr "    "

  |.................................................................| 100%
   inline R code fragments


output file: test.tex

[1] "test.tex"

文本输出:

>texi2pdf("test.tex")
>

我在 Windows 上使用 MikTex 2.9、knitr 1.9、R 3.0.2，您能否附上您的日志文件，以便我们比较差异(如果有)