python - 如何在 Azure Notebooks 中使用 rmagic？

Question

我正在尝试将一些数据从 R 代码段获取到 Azure Python 3 Jupyter 笔记本(可在 http://notebooks.azure.com 免费托管)。

我在 Python 3 笔记本中尝试了以下操作:

%load_ext rmagic

然后尝试嵌入 R:

%%R -o x
x <- 1

然后

x

这里我收到 Python 错误:名称“x”未定义 – 请参见下图。将 R 嵌入 Python 3 并使用 Azure Notebooks 交换数据的正确方法是什么？

Azure Notebooks http://nogin.info/R2Py.png

Answer 1

@DmitryNogin，我成功重现了该问题。并根据下面来自 here 的描述，您现在需要在 jupyter Notebook 中使用 %load_ext rpy2.ipython 而不是 %load_ext rmagic 。

The rmagic extension has been moved to rpy2 as rpy2.interactive.ipython.

但是，当我在笔记本中尝试 %load_ext rpy2.ipython 时，我遇到了以下其他一些错误。

ImportError: libRblas.so: cannot open shared object file: No such file or directory

我搜索了一个需要使用 export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/MR0-3.3.0/R-3.3.0/lib/R/设置环境变量 LD_LIBRARY_PATH 的解决方案Azure 笔记本服务器上的 lib(我通过命令 which R 找到的路径值)。但是，主机 Ubuntu 操作系统未安装 vi 或 vim，并且我不知道 nbuser 的 sudo 密码> 在终端中，因此虽然该解决方案在笔记本服务器的终端中适用于 ipython，但无法使 jupyter 工作。

我最终的工作解决方案是使用笔记本服务器的终端命令ln -s/usr/lib64/MR0-3.3.0/R-3.3.0/lib/R/lib/* ~/anaconda3_410/lib/.

然后，当你输入%load_ext rpy2.ipython时，你会得到一个错误ImportError ..../libreadline.so.6: undefined symbol: PC。只需要在%load_ext rpy2.ipython之前输入import readline即可解决。

最后，您可以为 %R xxx 加载 rpy2.ipython 以及一些警告信息。

希望有帮助。