r - 使用 cron 安排 R 脚本

Question

我正在尝试使用 cron 安排我的 R 脚本，但它不起作用。 R 似乎在 cron 中找不到包。有人可以帮助我吗？谢谢。

以下是我的 bash 脚本

# source  my profile
. /home/winie/.profile
# script.R will load packages
R CMD BATCH /home/script.R 

Answer 1

考虑这些提示

1. 使用 Rscript(或更小的)而不是 R CMD BATCH

2. 确保 cron 作业正在运行

3. 确保脚本自行运行

4. 在详细模式下测试几次

我的盒子正在运行有点明显的 CRANberries通过 cronjob 调用 R 脚本(我通过 littler 执行，但 Rscript应该也能正常工作)。为此，我的 Ubuntu 服务器上的 /etc/crontab 中的条目是

# every few hours, run cranberries
16 */3 * * *    edd     cd /home/edd/cranberries && ./cranberries.r

因此，每隔 3 个小时过 16 分钟，就会使用我的 ID 运行一个 shell 命令。它会更改为工作目录，并调用 R 脚本(具有可执行模式等)。

看看这个，我实际上可以只运行脚本并在其中添加 setwd() 命令......