rstudio 与命令行 R (`$R_LIBS_USER` 的不同库路径)

Question

我正在尝试找出为什么我的 .libPath 在命令行 R 和 RStudio Desktop 之间不同(注意:这不是 this question 的副本，因为该修复涉及特定于 RStudio Server 的内容，但我没有)。

当我在命令行(linux)上使用 R 时:

> .libPaths()
[1] "/home/mathematicalcoffee/R/library"  "/usr/local/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/site-library"             "/usr/lib/R/library"           

当我使用 RStudio 桌面(Linux，同一台机器)时:

[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"       "/usr/lib/R/library"            "/usr/lib/rstudio/R/library"  

现在我已在 bash 配置文件中将 $R_LIBS_USER 设置为 ~/R/library，因此 R 命令行会将其选为我的首选 libPath。

当我这样做时，问题出在 RStudio Desktop 中:

Sys.getenv('R_LIBS_USER')
# "~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.15"

那么为什么 RStudio Desktop 更改了我的 R_LIBS_USER？我怎样才能把它改回来？(我不使用 .Rprofile 文件)。 (在我上面链接的问题中，RStudio Server 的解决方案是修改 /etc/rstudio/rsession.conf，但我没有，因为我有 RStudio Desktop。另外，我相信RStudio 应该尊重我的 R_LIBS_USER 环境变量。)

Answer 1

你写:

Now I have set $R_LIBS_USER to ~/R/library in my bash profile,

您是否偶然从 gui 图标调用 RStudio，即不调用您的 ~/.bash_profile ？也许您可以尝试调用一个包装器来设置它？

就其值(value)而言，.libPaths() 在 RStudio Desktop 和 Server 下返回相同的内容(尽管 Server 附加了其内部目录)，在命令行上通过 ESS 为我返回了 R。

编辑:一般来说，请阅读help(Startup)，这将是值得花时间的。 @flodel 的评论非常恰当。如果您在系统级别处理此问题时遇到困难，您可以随时转向 R，无论是在系统级别(通过 Renviron 和 Renviron.site)，还是通过~/R/ 目录。