snakemake - 如何在snakemake中设置绑定(bind)内存限制

Question

我想让 Snakemake 为各个规则设置绑定(bind)内存限制。根据snakemake文档，mem_mb参数似乎可以工作，但是该作业使用的内存比我分配的内存多。

这是一个使用几 GB 内存的简单规则。我希望规则在达到内存限制后立即停止，但它会顺利完成。

rule:
    output:
        "a"
    threads: 1
    resources:
        mem_mb = 100
    shell:
        """
        python3 -c 'import numpy; x=numpy.ones(1_000_000_000)'
        touch a
        """

是否可以绑定(bind)此限制？我想要一个可移植的、适用于 Windows 和 Linux 的解决方案。我在本地使用 Snakemake，而不是使用批处理调度程序或容器设置。

Answer 1

我对此完全没有经验，所以我真的不能说这是否是推荐的或跨平台运行良好，但这似乎适用于我的计算机(Ubuntu):

rule all:
    input:
        "a"

rule:
    output:
        "a"
    threads: 1
    resources:
        mem_mb = 100
    params:
        max_mem=lambda wildcards, resources: resources.mem_mb * 1024
    shell:
        """
        ulimit -v {params.max_mem}
        python3 -c 'import numpy; x=numpy.ones(1_000_000_000)'
        touch a
        """

参见here了解更多信息。

我不相信 SnakeMake 为此提供了“开箱即用”的解决方案。