cytoscape.js - cytoscape 以动画路径显示节点之间的流量

Question

我需要显示沿着连接路径在节点之间移动的事物，类似于 this project 。我在 cytoscape 中找不到任何相关示例，但我过去曾使用过 cytoscape，并且更愿意继续使用它。我希望得到有关如何解决此问题的建议。

Answer 1

您有几个选择...

1. 最简单的是选框视觉风格。它在有向边缘的方向上产生“行进的 Ant ”错觉。只需到控制面板中的“样式”选项卡并选择“选取框”样式即可。在“边缘”选项卡中，您可以从 3 种不同的选取框线类型中进行选择。例如，您可以想象将这 3 种线路类型映射到 3 个交通密度类别(或区间)。或者，您可以将颜色、厚度和/或透明度与选取框样式结合使用来表示交通密度。您可以在此处查看示例:

   • https://youtu.be/MF0zsxEPoPc?t=44

2. 还有一个动画应用程序!这采用在您提供的任何关键帧集之间插入任何视觉样式(包括位置和存在)的方法。因此，例如，您将有一个开始和结束帧，然后 CyAnimator 将为您制作一个电影文件:

   • http://apps.cytoscape.org/apps/cyanimator

3. 还有另一种完全不同的方法:借助 Cytoscape 的脚本编写功能，您几乎可以做任何您想做的事情。例如，RCy3 包的单元测试最终几乎是对潜在数据的近乎迷幻的展示(单元测试甚至没有完全覆盖，羞耻)。因此，您可以使用 R 或 Python 中的一些脚本来实时导演自己的动画。这是 RCy3 单元测试演示和脚本库的链接:

   • https://www.youtube.com/watch?v=IXqbdlUnzUE&t=1s (注意:图形闪烁)
   • https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/RCy3.html
   • https://py2cytoscape.readthedocs.io/en/latest/