r - heatmap.2 (gplots) 如何更改颜色键的水平大小并添加图例

Question

我正在使用 heatmap.2 生成热图。我知道如何控制许多参数，但我仍然没有找到一种方法来使颜色键变得更宽或将其作为 strip 放在绘图的侧面或底部。

使用 keysize，它会按比例修改高度和宽度。

此外，当使用 ColSideColors 时，我使用 legend() 来放置颜色标签，但“topright”不在右上角。我知道这是关于绘图区域、边距等的问题，但我还没有找到一个很好的解释文本来说明 heatmap.2 绘图的结构以及如何通过坐标定位事物以及如何处理 oma、mar 等。在边距、样本、树深度等上，图例可以放置在开放区域或与热图重叠一些。任何关于理解 R 图形问题的好文章都将受到真正的赞赏。

使用的编码是:

df<- data.frame(  x1=rnorm(120,mean=rep(1:3,each=4),sd=0.2)
                  ,x2=rnorm(120,mean=rep(1:3,each=4),sd=0.2)
                  ,x3=rnorm(120,mean=rep(1:3,each=4),sd=0.2)
                  ,x4=rnorm(120,mean=rep(1:3,each=4),sd=0.2)
                  ,x5=rnorm(120,mean=rep(1:3,each=4),sd=0.2)
                  ,x6=rnorm(120,mean=rep(1:3,each=4),sd=0.2)
                  ,x7=rnorm(120,mean=rep(1:3,each=4),sd=0.2)
                  ,x8=rnorm(120,mean=rep(1:3,each=4),sd=0.2)
                  ,y1=rnorm(120,mean=rep(c(1,2,1),each=4),sd=0.2)
                  ,y2=rnorm(120,mean=rep(c(1,2,1),each=4),sd=0.2)
                  ,y3=rnorm(120,mean=rep(c(1,2,1),each=4),sd=0.2)
                  ,y4=rnorm(120,mean=rep(c(1,2,1),each=4),sd=0.2)
                  ,y5=rnorm(120,mean=rep(c(1,2,1),each=4),sd=0.2)
                  ,y6=rnorm(120,mean=rep(c(1,2,1),each=4),sd=0.2)
                  ,y7=rnorm(120,mean=rep(c(1,2,1),each=4),sd=0.2)
                  ,y8=rnorm(120,mean=rep(c(1,2,1),each=4),sd=0.2)
)
dataMatrix <- as.matrix(df)[sample(1:120),]
heatmap.2(dataMatrix
          , col=rev(brewer.pal(11,"RdBu"))
          , density.info="none"
          , key=TRUE
          , symkey=FALSE
          , trace="none"
          , cexRow=1
          , scale='row'
          , margins =c(10,9)
          , ColSideColors=c(rep("red", ncol(df)/2), rep("green", ncol(df)/2))
          , main="Log2_intensities median centered"
          , keysize=0.9)

legend('topright', c("x", "y"),lty=1, col=c("red", "green"), cex=0.8)

Answer 1

这里描述了组织情节的方法:Moving color key in R heatmap.2 (function of gplots package)当有 ColSideColors 时，heatmap.2 会将绘图绘制为

1 ColSideColors

2 热图

3 ...如上面的链接所示

从未使用RowSideColors进行过测试。换句话说，您可以使用 heatmap.2 的 lmat、lwid、lhei 参数来组织绘图。这可以为您的传奇提供一些空间。