r - 如何在 R 中的 heatmap.2 中为一组标签或分支着色

Question

通过使用?heatmap.2中的数据:

data(mtcars)
x<-scale(mtcars)


set.seed(123)
tf<-sample(rownames(x), 5)
tf

[1] "Merc 280"         "Pontiac Firebird" "Merc 450SL"  
 "Fiat X1-9"        "Porsche 914-2" 

heatmap.2(x)

我想要的是将 tf 中的行名称(右侧)着色为红色，或将这些名称的分支(左侧)着色为红色(或者两者都为红色会更大) 。我四处搜寻，找不到解决方案。有人对使用上述示例有建议吗？

Answer 1

为了将行名称着色为红色，您需要执行以下操作:

data(mtcars)
x<-scale(mtcars)

set.seed(123)
tf<-sample(rownames(x), 5)

使用行名称的颜色创建向量 cols。 tf 为红色，其他地方为黑色

#initiate cols with all black
cols <- rep('black', nrow(mtcars))
#turn red the specified rows in tf
cols[row.names(mtcars) %in% tf] <- 'red'

现在使用 colRow 参数进行绘图:

heatmap.2(x, colRow = cols)

输出:

至于树状图的着色，我认为 heatmap.2 中没有选项可以做到这一点。似乎有一种使用 Heatplus 包和函数 annHeatmap2 的方法，但我没有使用它的经验。有一个例子here如果您有兴趣探索新的软件包。