r - 将包含行为的事件预算绘制成图表

Question

我遇到了一个具有挑战性的问题，希望得到一些建议。我有想要以图形方式显示的事件数据，并且正在寻找可用于解决我的问题的包或程序(最好是 R)。

数据是在 3 周(日历日期)或更长时间内每小时(一天中的时间)收集的运动(Activity)计数相关变量(Food/Vegetation)。

通常，正如我所知，可以在名为 Clocklab 的程序中处理数据并绘制图表，该程序是 Matlab 产品。然而，增加的复杂性是希望根据喂养组的分类绘制此数据。我试图为此在 R 中找到一个公平的程序/包，但没有成功。

数据看起来很简单:

Activity     time of day      Food type         Calendar Date
       0           01:00              B            03/24/2007
      13           02:00            ---            03/24/2007
       0           03:00              B            03/24/2007
       0           04:00              B            03/24/2007
       :               :              :                     :
    1246           18:00              C            03/24/2007
    3423           19:00              C            03/24/2007
       :               :              :                     :
       0           00:00            ---            03/25/2007

此数据是昼夜节律的、循环的、事件预算的，我想要一个本质上可能是 3-D 的图表，显示饮食选择以及随着时间的推移绘制的与该饮食相关的事件量/周。我会先由个人来做，然后在人口层面上做。我有一个程序链接和程序通常生成的示例图 Clocklab .

Answer 1

没有真实数据，这是我能想到的最好的。不需要特殊的包，只需 ggplot2 和 plyr:

#Some imagined data
dat <- data.frame(time = factor(rep(0:23,times = 20)),
                count = sample(200,size = 480,replace = TRUE),
                grp = sample(LETTERS[1:3],480,replace = TRUE))

head(dat)
  time count grp
1    0    79   A
2    1    19   A
3    2     9   C
4    3    11   A
5    4   123   B
6    5    37   A

dat1 <- ddply(dat,.(time,grp),summarise,tot = sum(count))

> head(dat1)
  time grp tot
1    0   A 693
2    0   B 670
3    0   C 461
4    1   A 601
5    1   B 890
6    1   C 580

ggplot(data = dat1,aes(x = time,y  = tot,fill = grp)) + 
    geom_bar(stat = "identity",position = "stack") + 
    coord_polar()

我只是将一天中的小时编码为整数 0-23，并简单地为 Activity 计数获取了一些随机值。但这似乎通常是您所追求的。

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基于评论的更多选项:

#Force some banding patterns
xx <- sample(10,9,replace = TRUE)
dat <- data.frame(time = factor(rep(0:23,times = 20)),
                day = factor(rep(1:20,each = 24),levels = 20:1),
                count = rep(c(xx,rep(0,4)),length.out = 20*24),
                grp = sample(LETTERS[1:3],480,replace = TRUE))

选项一使用分面:

ggplot(dat,aes(x = time,y = day)) +
    facet_wrap(~grp,nrow = 3) + 
    geom_tile(aes(alpha = count))

选项二使用颜色(即填充):

ggplot(dat,aes(x = time,y = day)) +
    geom_tile(aes(alpha = count,fill = grp))