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我将以下 CDF 文件用于 Brachypodium dystachion 的 Affymetrix 芯片。显然,它遵循 Affymetrix CDF specification 的所有规则。
http://giorgilab.org/BradiGiorgiMutwil001_txt.cdf
但是,当我尝试使用 R 和 Bioconductor 包从中创建 customcdf 环境时 makecdfenv
library(makecdfenv) make.cdf.package("BradiGiorgiMutwil001_txt.cdf",species="Brachypodium_dystachion")
我收到以下错误:
Reading CDF file.
* caught segfault * address 0x1, cause 'memory not mapped'
Traceback: 1: .Call("readCDFfile", as.character(file), as.integer(3), as.integer(compress), PACKAGE = "makecdfenv") 2: read.cdffile(file.path(path.expand(cdf.path), filename), compress = compress) 3: make.cdf.env(filename, cdf.path = cdf.path, compress = compress, return.env.only = FALSE) 4: make.cdf.package("BradiGiorgiMutwil001_txt.cdf", species = "Brachypodium_dystachion")
输入的 CDF 文件中是否有任何让您觉得错误的地方?我完全感到困惑,因为我不知道如何解释这个段错误,也不知道如何将其追溯到特定问题。使用 affxparser Bioconductor 包时会发生类似的事情,因此它一定是 CDF 字段的问题(而不是包的问题)。
非常感谢! :-)
费德里科
最佳答案
make.cdf.package()
函数仅适用于二进制 cdf。您需要使用 affxparser::convertCdf()
转换您的 cdf,然后您可以创建包。
关于r - Affymetrix Custom CDF 段错误,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/12141712/
我将以下 CDF 文件用于 Brachypodium dystachion 的 Affymetrix 芯片。显然,它遵循 Affymetrix CDF specification 的所有规则。 htt
我将以下 CDF 文件用于 Brachypodium dystachion 的 Affymetrix 芯片。显然,它遵循 Affymetrix CDF specification 的所有规则。 htt
我是一名优秀的程序员,十分优秀!