r - 如何在具有大型数据集的 R 中使用 princomp() 或 prcomp() 函数，而不转移数据？

Question

我刚刚开始了解 PCA，我希望将它用于包含超过 4,00,000 行的巨大微阵列数据集。我的列以样本的形式存在，行以基因/基因座的形式存在。我确实阅读了一些有关使用 PCA 的教程，并遇到了 princomp() 和 prcomp() 以及其他一些教程。

现在，正如我在这里了解到的那样，为了在双标图中绘制“样本”，我需要将它们放在行中，将基因/基因座放在列中，因此我必须先转置我的数据将其用于 PCA。

但是，由于行数超过 4,00,000，我无法真正将它们转置为列，因为列数有限。所以我的问题是，有没有什么方法可以使用这些 R 函数对我的数据执行 PCA，而不用转置它？如果没有，你们中的任何人都可以建议我任何其他方式或方法吗？

Answer 1

为什么您讨厌转置数据？很简单!

如果您将数据读入 R(例如作为矩阵 microarray.data)，您只需使用一条命令即可转置它们:

transposed.microarray.data<-t(microarray.data)