perl - 检查数字是否位于两个值之间

Question

我有这个文件

427 A   C   A/C 12
436 G   C   G/C 12
445 C   T   C/T 12
447 A   G   A/G 9
451 T   C   T/C 5
456 A   G   A/G 12
493 G   A   G/A 12

我想阅读第一列并找到所有其他差异小于 10 的 ID。

427 A   C   A/C 12  436
436 G   C   G/C 12  427,445
445 C   T   C/T 12  436,447,451
447 A   G   A/G 9   445,451,456
451 T   C   T/C 5   445,447,456
456 A   G   A/G 12  451,447
493 G   A   G/A 12

最后一列应该像上面那样。所有与该特定 ID 相差 + 或 - 10 个碱基的 ID。例如对于 436，边界是 {426 - 446} 在该范围内的其他 ID 是 427 和 445，所以我将它们显示在第 6 列..

Answer 1

这是使用 Perl 的一种方法:

use strict;
use warnings;

open my $fh, '<', 'dataFile.txt' or die $!;
chomp( my @data = <$fh> );
close $fh;

my @IDs = map /(\d+)/, @data;

for (@data) {
    my ($id) = /(\d+)/;
    print "$_\t"
      . ( join ',', grep { abs $id - $_  < 11 and $id != $_ } @IDs )
      . "\n";
}

输出:

427 A   C   A/C 12  436
436 G   C   G/C 12  427,445
445 C   T   C/T 12  436,447,451
447 A   G   A/G 9   445,451,456
451 T   C   T/C 5   445,447,456
456 A   G   A/G 12  447,451
493 G   A   G/A 12