biopython - 如何使用biopython库将多个pdb写入单个pdb文件

Question

我想知道如何使用 biopython 库将多个 pdb 写入单个 pdb 文件。对于读取NMR结构等多个pdb，documentation中有内容但对于写作，我没有找到。有人对此有想法吗？

Answer 1

是的，可以。已记录here 。假设您有一个结构对象列表，我们将其命名为“结构”。您可能想尝试:

from bio import PDB

pdb_io = PDB.PDBIO()

target_file = 'all_struc.pdb'
with pdb_file as open_file:
    for struct in structures:
        pdb_io.set_structure(struct[0])
        pdb_io.save(open_file)

这是这个问题最简单的解决方案。一些重要的事情:

• 不同的蛋白质晶体结构有不同的坐标系，那么你可能需要superimpose他们。或者应用一些变换函数来比较。
• 在 pdb_io.set_struct 中，您可以选择一个实体或一条链，甚至一堆原子。
• 在 pdb_io.save 中，有一个辅助参数，它是一个 Select 类实例。它将帮助您去除水、杂原子、不需要的链......

请注意，NMR 结构包含多个实体。您可能想选择一个。希望这可以帮助您。