r - 使用 heatmap.2 绘制单元格边框

Question

我正在尝试使用 heatmap.2 制作热图，但没有得到单元格边框。如果我设置参数 sepwidth 和 sepcolor 它不起作用，我必须包含 colsep 和 rowsep 参数但仍然这样做，一些单元格边框没有绘制，有什么想法吗？

heatmap.2(as.matrix(df), key=F, trace="none", ColSideColors=colorside, 
                         cexRow=0.6, breaks=bk1, col=colors2, 
                         lmat=rbind(c(0,0), c(0,4), c(0,1), c(3,2), c(0,0)),
                         lhei=c(0.4,0.3,0.05,0.4,0.6), 
                         sepwidth=c(0.01, 0.01), sepcolor="black", 
                         colsep=1:length(df), rowsep=1:length(df))

Answer 1

看来您的问题出在 colsep 和 rowsep 参数上。来自帮助文件:

colsep, rowsep, sepcolor (optional) vector of integers indicating which columns or rows should be separated from the preceding columns or rows by a narrow space of color sepcolor

您的代码不是“指示应分隔哪些列或行”，而是创建一个与矩阵中元素数量一样长的向量。如果您设置了 colsep=c(1,3)，则第一列和第二列之间的分隔符以及第三列和第四列之间的分隔符将被着色。我不相信有一种方法可以在不使用 colsep 和 rowsep 参数的情况下为单元格边框着色。默认情况下，不会绘制单元格边框，除非给这些参数指定了值。

# First, a reproducible data set
library(gplots)
mat = matrix( rnorm(100), ncol=5 )
colorside = gray(1:5/5)
bk1 = seq(min(mat),max(mat),length.out=11)
col = redgreen(10)

# And now the heatmap
heatmap.2( mat, 
           key=FALSE, 
           trace="none",
           ColSideColors=colorside,
           cexRow=0.6,
           breaks=bk1,
           col=col,
           sepwidth=c(0.1,0.1),
           sepcolor="purple",
           colsep=1:ncol(mat),
           rowsep=1:nrow(mat))