biopython - Bio.Entrez.Parser.ValidationError : Failed to find tag 'Build' in the DTD

Question

我刚刚安装了 Biopython 并想尝试它的功能，所以我开始学习本教程。

但是，当我到达有关从 Entrez 获取信息的章节时，我遇到了问题。

教程中的示例很简单:

from Bio import Entrez
Entrez.email = "A.N.Other@example.com"
handle = Entrez.einfo(db="pubmed")
record = Entrez.read(handle)

这很好用。但是一旦我想解析与 pubmed 不同的数据库，我就会收到以下错误:

Bio.Entrez.Parser.ValidationError: Failed to find tag 'Build' in the DTD. To skip all tags that are not represented in the DTD, please call Bio.Entrez.read or Bio.Entrez.parse with validate=False.

尝试 validate=False 选项也不起作用，因为这会引发 Bio.Entrez.Parser.NotXMLError。

有人可以告诉我我做错了什么以及如何解决这个问题吗？

Answer 1

为了解决这个问题，只需更改对 Entrez.read() 的调用以包含验证参数，如下所示:

record = Entrez.read(handle,validate=False)

这个问题的另一个答案是正确的。这是 Biopython 解析器的一个错误。希望他们很快就会更新。