r - 了解 R 中的热图树状图聚类

Question

如果有任何关于 R 的热图函数的树状图(Colv、Rowv)的信息 Material ，我将不胜感激。例如聚类是如何工作的(是欧氏距离吗？)。您不必发布冗长的解释，我已经对一些可以使我走上正轨的关键字感到高兴，这样我就可以进行一些在线研究。

这是帮助手册的摘录，让我有点困惑。 “荣幸”在这种情况下是什么意思，它与重新排序有何不同？

If either Rowv or Colv are dendrograms they are honored (and not reordered).

Answer 1

Rowv 和 Colv 控制数据集的行和列是否应该重新排序以及如果是如何重新排序。

它们的可能值为 TRUE、NULL、FALSE、整数向量或树状图对象。

• 在默认模式 TRUE 下，heatmap.2 使用 hclustfun 和 distfun 参数执行聚类。这默认使用欧氏距离度量来完成链式聚类。然后使用行/列方法对树状图重新排序。您可以通过为 hclustfun 或 distfun 指定不同的函数来控制它。例如，要使用曼哈顿距离而不是欧几里得距离，您可以这样做:

  heatmap.2(x,...,distfun=function (y) dist(y,method = "manhattan") )
  

  查看 ?dist 和 ?hclust。如果您想了解有关聚类的更多信息，可以从“距离测量”和“聚集方法”开始。

• 如果 Rowv/Colv 为 NULL 或 FALSE 则不会进行重新排序或聚类，并且矩阵按原样绘制。

• 如果 Rowv/Colv 是数值向量，则聚类计算为 TRUE 和树状图的重新排序使用提供给 Rowv/Colv 的向量完成。

• 如果Rowv/Colv 是一个树状图对象，那么这个树状图将用于对矩阵重新排序。例如，可以通过以下方式生成树状图对象:

  rowDistance = dist(x, method = "manhattan")
  rowCluster = hclust(rowDistance, method = "complete")
  rowDend = as.dendrogram(rowCluster)
  rowDend = reorder(rowDend, rowMeans(x))
  

  它在曼哈顿距离上生成一个完整的聚类，按行方式排序。您现在可以将 rowDend 传递给 Rowv。

  heatmap.2(x,...,Rowv = rowDend)
  

  这可能很有用，例如，如果您想以不同的方式对行和列进行聚类，或者使用其他人给您的聚类，或者您想做一些仅通过指定 hclustfun 无法满足的时髦事情和 distfun。这就是“dendrogram is honooured”的意思:它被用来代替 hclustfun 和 distfun 指定的东西。