r - 构建循环系统发育树

Question

我有一张与它们相关的基因和疾病表。我想构建一个系统发育树，并将基因按其疾病分组。下面是一个示例数据集，其中gene1列属于disease1，gene2属于disease2。主要是基因1和基因2彼此相关，并映射到它们所属的疾病。

gene1   gene2   disease1           disease2
AGTR1   ACHE    cancer              tumor
AGTR1   ACHE    parkinson's         asthma
ALOX5   ADRB1   myocardial infarct  heart failure
AR      ADORA1  breast cancer       anxiety disorder

我想要一个用于我的目的的循环系统发育树，在下面的链接中给出: http://itol.embl.de/itol.cgi

有什么建议可以在 R 或任何软件中执行此操作吗？

谢谢

我现在正在运行的代码:

d=read.csv("genes_disease.txt",sep="\t",header=TRUE)
phyl_gad <-as.phylo(hclust(dist(d)))
 plot(phyl_gad,type="fan",edge.col=c("red","green","blue","orange","yellow","pink","magenta","white"),show.tip.label=FALSE)

如果我确实 show.tip.label=TRUE，则会绘制太多标签并使提示变得困惑。

我修改后的数据集现在只有两列，一列用于基因，一列用于疾病。

Answer 1

啊，我以前做过这个。正如 Bryan 所说，您想使用 ape 包。假设您有一个 hclust 对象。例如，

library(ape)
fit<-hclust(d,method='ward')
plot(as.phylo(fit),type='fan',label.offset=0.1,no.margin=TRUE)

如果要修改树末端的颜色，可以使用 cuttree 和 tip.color 参数。这将为不同的簇创建一组重复的颜色(例如，color=c('red','blue') 将为分支末端交替显示蓝色和红色文本。

nclus=...#insert number of clusters you want to cut to
color=...#insert a vector of colors here
fit<-hclust(d,method='ward')
color_list=rep(color,nclus/length(color))
clus=cutree(fit,nclus)
plot(as.phylo(fit),type='fan',tip.color=color_list[clus],label.offset=0.1,no.margin=TRUE) 

我不确定您要使用哪种类型的聚类方法(我使用的是 Ward 方法)，但这就是您的做法。