linux - 运行 Docker 脚本时未找到文件，但在另一个 Docker 脚本中找到了文件

Question

我正在尝试在 google 发布的 docker 中运行脚本。
我使用的命令将一些数据文件挂载到 docker 上一个名为“/input”的文件中(在 docker 内)。
当我运行脚本时，它说它没有找到输入文件。
但是，我确实使用了 -v 标志，并且我运行了一个脚本来确保输入文件在那里(在 docker 内)。
总而言之-当我运行时

find /input -name "*.fasta"

它输出:

/input/ucsc.hg19.chr20.unittest.fasta

根据需要，但是当我运行脚本时，它说

./dv-quick-start: 19: ./dv-quick-start: --ref=/input/ucsc.hg19.chr20.unittest.fasta: not found

完整脚本:

#!/bin/sh
BIN_VERSION="1.0.0"
INPUT_DIR="${PWD}/quickstart-testdata"
DATA_HTTP_DIR="https://storage.googleapis.com/deepvariant/quickstart-testdata"
OUTPUT_DIR="${PWD}/quickstart-output"

sudo docker run \
  -v "${INPUT_DIR}":"/input" \
  -v "${OUTPUT_DIR}":"/output" \
  google/deepvariant:"${BIN_VERSION}" \
  find /input -name "*.fasta"

sudo docker run \
  -v "${INPUT_DIR}":"/input" \
  -v "${OUTPUT_DIR}":"/output" \
  google/deepvariant:"${BIN_VERSION}" \
  /opt/deepvariant/bin/run_deepvariant \
  --model_type=WGS \ **Replace this string with exactly one of the following [WGS,WES,PACBIO,HYBRID_PACBIO_ILLUMINA]**
  --ref=/input/ucsc.hg19.chr20.unittest.fasta \
  --reads=/input/NA12878_S1.chr20.10_10p1mb.bam \
  --regions "chr20:10,000,000-10,010,000" \
  --output_vcf=/output/output.vcf.gz \
  --output_gvcf=/output/output.g.vcf.gz \
  --intermediate_results_dir /output/intermediate_results_dir \ **This flag is optional. Set to keep the intermediate results.

完整输出:

/input/ucsc.hg19.chr20.unittest.fasta
--ref is required.
Pass --helpshort or --helpfull to see help on flags.
./dv-quick-start: 19: ./dv-quick-start: --ref=/input/ucsc.hg19.chr20.unittest.fasta: not found

我觉得有一些误解代表我，我会很感激任何帮助。
如果需要更多信息来回答这个问题，请告诉我。

Answer 1

您的 shell 脚本中有一些无关的文本会导致问题。删除“替换此字符串”和“此标志是可选的”文本以及它们之前的所有空格，使 \这些行的最后一个字符。
在 shell 脚本中，您可以使用 \ 将命令拆分为多行。 .但是，\必须是该行中的绝对最后一个字符；如果不是，它会转义后面的字符。

# one line: ls -al $HOME
ls -al \
  $HOME

# two lines: ls -al " " more text here; $HOME
ls -al \    more text here
  $HOME

在您的示例中，您在

sudo docker run \
  ...\
  --model_type=WGS \ **Replace this string with exactly one of the following [WGS,WES,PACBIO,HYBRID_PACBIO_ILLUMINA]**

# This is seen as a separate command
  --ref=/input/ucsc.hg19.chr20.unittest.fasta \
  ...

由于“替换此字符串...”文本使 \不是该行中的绝对最后一个字符，它会导致 shell 中断命令。然后你会得到两个命令，一个 docker run没有 --ref 的命令选项以及尝试运行 --ref=... 的样子作为单独的命令；这对应于您得到的两个错误。