r - 无法在 CentOS7 上安装 Facebook 先知的 R 库

Question

我正在尝试安装 R Facebook 的 prophet 库在 centOS 7 上。为了便于重现，我提供了 dockerfile和命令。

FROM centos:7

RUN yum -y install epel-release
RUN yum -y groupinstall "Development Tools"
RUN yum -y install proj

RUN yum -y install udunits2-devel
RUN yum -y install openssl-devel
RUN yum -y install libjpeg-turbo-devel
RUN yum -y install libcurl-devel

RUN yum -y install v8-devel

RUN yum -y install R

要构建 dockerfile，请使用以下命令。

docker build -t test_prophet_installation .

构建完成后，我使用下一个命令运行容器。

docker run -it --entrypoint=/bin/bash test_prophet_installation

现在，我在我的容器里。我尝试安装 prophet使用以下命令。

su - -c "R -e \"install.packages('prophet', repos='http://cran.rstudio.com/')\""

上面的命令说， prophet 的依赖之一即 rstan安装失败。所以我尝试使用以下命令安装“rstan”。

su - -c "R -e \"install.packages('rstan', repos='http://cran.rstudio.com/')\"" 

运行上述命令后，出现以下错误。

Error in .shlib_internal(args) :
  C++14 standard requested but CXX14 is not defined
* removing '/usr/lib64/R/library/rstan'

The downloaded source packages are in
        '/tmp/RtmpsPDQ9G/downloaded_packages'
Updating HTML index of packages in '.Library'
Warning messages:
1: In install.packages("rstan", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package 'rstan' had non-zero exit status
2: In file.create(f.tg) :
  cannot create file '/usr/share/doc/R-3.6.0/html/packages.html', reason 'No such file or directory'
3: In make.packages.html(.Library) : cannot update HTML package index

我尝试了几乎所有来自谷歌的故障排除来解决上述错误仍然没有运气。我想，我没有正确设置一些环境变量。

Answer 1

这里的问题是当使用 yum groupinstall "Development Tools" ，安装的 gcc 是 4.8.5，因此不支持 C++14(如您所见 here )。
为了解决这个问题，您需要添加以下内容:

RUN yum -y install centos-release-scl
RUN yum -y install devtoolset-8-gcc*

RUN scl enable devtoolset-8 sh

最重要的是，您必须为 rstan 定义 Makevars。 .你可以在这里找到解释: https://github.com/stan-dev/rstan/issues/569
我创建了这个 Makevars:

CXX14 = g++ -std=c++1y -Wno-unused-variable -Wno-unused-function -fPIC

并在我的 Dockerfile 中添加了一个副本:

COPY Makevars /root/.R/Makevars

我正在使用以下命令下载软件包:

install.packages('rstan', repos='http://cran.rstudio.com/', dependencies = TRUE)

有些事情仍然没有按预期工作，但这是向前迈出的一步。
编辑:
这种方法不起作用，因为系统一直使用旧的 g++。我最终使用了 docker 镜像 centos/devtoolset-7-toolchain-centos7:latest .