linux - 如何在Docker文件中包含Shell脚本套件

Question

我正在尝试为samtools和picard.jar联机提供的BBMAP(https://sourceforge.net/projects/bbmap/files/latest/download)Shell脚本套件创建docker镜像。我能够运行samtools和picard，但是由于某种原因，我无法在下面添加bbmap。有人可以让我知道我在这里想念的吗？
我试图将shell脚本添加到bin中，以将其作为可执行文件运行。
在下面的我的docker文件中，这是我需要帮助的地方:

&& wget -q https://sourceforge.net/projects/bbmap/files/latest/download \
&& tar -xjvf /tmp/download \
&& cp -av /tmp/bbmap/* /usr/bin/ \

Dockerfile:

FROM openjdk:8-jre
LABEL maintainer="AN <XXX@wustl.edu>"

LABEL org.label-schema.schema-version="1.0"
# LABEL org.label-schema.build-date=$BUILD_DATE
LABEL org.label-schema.name="an/samtofastq"
LABEL org.label-schema.description="Image for Reverting .bam"

ENV SAMTOOLS_VERSION 1.9
ENV PICARD_VERSION 2.20.8

WORKDIR /tmp

RUN apt-get update -y \
&& apt-get install --no-install-recommends -y \
 make \
 gcc \
 g++ \
 libz-dev \
 libbz2-dev \
 liblzma-dev \
 ncurses-dev \
 bc \
 libnss-sss \
 time \
&& cd /tmp \
&& wget -q https://github.com/samtools/samtools/releases/download/${SAMTOOLS_VERSION}/samtools-${SAMTOOLS_VERSION}.tar.bz2 \
&& tar xjvf samtools-${SAMTOOLS_VERSION}.tar.bz2 \
&& cd /tmp/samtools-${SAMTOOLS_VERSION}/ \
&& make \
&& cp -av /tmp/samtools-${SAMTOOLS_VERSION}/samtools /usr/bin/ \
&& wget -q -O /usr/bin/picard.jar https://github.com/broadinstitute/picard/releases/download/${PICARD_VERSION}/picard.jar \
&& wget -q https://sourceforge.net/projects/bbmap/files/latest/download \
&& tar -xjvf /tmp/download \
&& cp -av /tmp/bbmap/* /usr/bin/ \
&& ln -sf /usr/share/zoneinfo/America/Chicago /etc/localtime \
&& echo "America/Chicago" > /etc/timezone \
&& dpkg-reconfigure --frontend noninteractive tzdata \
&& apt-get clean all \
&& rm -rfv /var/lib/apt/lists/* /tmp/* /var/tmp/* 

 

# COPY ./entrypoint.sh /usr/local/bin/
ENV PICARD /usr/bin/picard.jar

## Add ENV for Shell scripts from BBMAP
# ENV DEMUX /usr/bin/demuxbyname.sh
# ENTRYPOINT ["/usr/local/bin/entrypoint.sh"]
CMD ["/bin/bash"]

这是我得到的错误:

tar (child): /tmp/download: Cannot open: No such file or directory                                                      
tar (child): Error is not recoverable: exiting now                                                                      
tar: Child returned status 2                                                                                            
tar: Error is not recoverable: exiting now  

Answer 1

在脚本的前面，您运行:

cd /tmp/samtools-${SAMTOOLS_VERSION}/ 

因此，当您运行此命令时:

wget -q https://sourceforge.net/projects/bbmap/files/latest/download

结果文件为:

/tmp/samtools-${SAMTOOLS_VERSION}/download

这意味着当您运行 tar命令时:

tar -xjvf /tmp/download

...找不到文件，因为它不在 /tmp中。
在下载文件之前，请更改 tar命令的路径，或者在脚本中添加 cd /tmp。或将类似 -O /tmp/download.tar的内容传递给 wget调用。