networkx - 将 Pajek 数据集读入 Networkx

Question

我希望将 Pajek 数据集转换为 networkx Graph()。数据集来自哥斯达黎加Family Ties 。我正在使用非常方便的 networkx.read_pajek(pathname) 函数，但遇到了一些麻烦。更改到正确的目录后，我在终端窗口 (iPython) 上执行以下命令，将 networkx as nx 和 matplotlib.pyplot as plt 导入:

>> G = nx.read_pajek('SanJuanSur.paj')
>> nx.draw(G)
>> fig = plt.figure(figsize = (15, 10))
>> nx.draw(G)
>> plt.show()

显然，发生了一些不寻常的事情，希望经验丰富的人能够帮助我。看起来 .paj 文件有许多不同的部分塞入我下载的一个文件中。不太确定如何分解它，因为没有评论，而且看起来 Pajek 一般都是用 GUI 操作的。

>> G.node['f49']
{'id': '49', 'shape': '0.5000', 'x': 0.5533, 'y': 0.3766}

希望使用节点的状态(范围从 0-14 的属性)。谢谢!

Answer 1

networkx Pajek 文件阅读器无法处理包含额外“分区”数据的 .paj 格式文件。不幸的是，它似乎有效。但显然你会得到额外的节点和边。

如果您删除文件 SanJuanSur2.net 中从 *Edges 开始到末尾的所有内容，您可以使用 networkx.read_pajek() 读取它。