r - 在函数内调用 glmulti 时未找到错误对象

Question

我在自己的函数中使用 glmulti 包时遇到问题。

下面的代码是重现错误的简化示例:错误:找不到对象“poplrun”

这是在函数内创建的data.frame。在第二个示例中，它没有找到参数 l。

我认为问题与调用glmulti的环境有关。我找到了这篇文章

Trouble passing on an argument to function within own function

并尝试将 do.call 与 substitute(poplrun) 或 as.name("poplrun") 一起使用，但显然我是错过了一些东西，因为它不起作用。我也找到了这个帖子 Object not found error when passing model formula to another function

并尝试识别公式中的环境(正如您在我的第一个示例中看到的那样)，但那个也不起作用。我真的很感激任何帮助，因为现在我正在尝试解决这个难题两天......

谢谢!

示例 1

    set.seed(5)
    df1<-data.frame(Scenario=rep(LETTERS[1:2], each=10), 
                   Iteration=rep(1:10, 2), V1=rnorm(n=20, mean=0.5, sd=0.1))
    LookUpT<-data.frame(Scenario=rep(LETTERS[1:5]), SV1=1:5, SV2=6:10 )
    InteractRun<- function (
      param="V1" , 
      SVs=c("SV1", "SV2"),
      ic="aic",
      l=1 
      ) {
         poplrun<-df1
         require(plyr)
         poplrun<- join(poplrun, LookUpT, by = 'Scenario', type="left")
         xs<-paste(SVs, collapse="*") 
         .env<-environment() 
         formula<-as.formula(paste0(param, "~", xs), env=.env)
         require(betareg)
         require(glmulti)
         cand<-glmulti(formula, data=poplrun, method="d", level=l, 
         fitfunc=betareg,  na.action=na.omit)
         print(cand)
       }
       InteractRun()

示例 2

    set.seed(5)
    df1<-data.frame(Scenario=rep(LETTERS[1:2], each=10), Iteration=rep(1:10, 2), 
            V1=round(rnorm(n=20, mean=20, sd=2))) 
    LookUpT<-data.frame(Scenario=rep(LETTERS[1:5]), SV1=1:5, SV2=6:10 ) 
    InteractRun<- function (
    param="V1" , 
    SVs=c("SV1", "SV2"), 
    fam="poisson",
    ic="aic",
    l=1 
    ) {
       poplrun<-df1
       require(plyr)
       poplrun<- join(poplrun, LookUpT, by = 'Scenario', type="left")
       xs<-paste(SVs, collapse="*") 
       formula<-as.formula(paste0(param, "~", xs)) # set up formula to be used  
       glm1<-glm(data=poplrun, formula, family=fam, na.action=na.omit)
       require(glmulti)
       cand<-glmulti(glm1, method="d", level=l,  na.action=na.omit)
       print(cand)
      }
     InteractRun()

Answer 1

我要回答我自己的问题...过了一会儿，我想出了如何解决这个问题。对 glmulti 的正确调用是使用 do.call但都不需要 substitute()或as.name() 。在示例 1 中，调用应为: cand <- do.call("glmulti", list(formula, data=poplrun, method="d", level=l, fitfunc=betareg, na.action=na.omit))在示例 2 中: cand <- do.call("glmulti", list(glm1, method="d", level=l, na.action=na.omit))