在 corrplot() 中报告显着性水平

Question

我目前正在 R 中使用 corrplot 包中的 corrplot()，并且偶然发现了两个问题。为简单起见，我将使用与 corrplot 的帮助/介绍页面相同的符号。

1. 我想在所有单元格中记下我的 p 值或测试的显着性(或两者!)，而不仅仅是不显着的单元格。

2. 我只想在上三角形中刻上这些铭文。

首先要解决 2)，我已经能够使用它，但如果感觉有点 hacky:

corrplot(M, type="upper", p.mat = res1[[1]], insig="p-value", tl.pos="n")
corrplot(M, type="lower", add=T, tl.pos="d", cl.pos="n"))

但是我还没能弄清楚第一点。任何建议都会有帮助!

Answer 1

快速方法是将 sig.level=0 添加到第一个图，以便显示所有 p 值(实际上，由于数值精度，某些 p 值将恰好为零，因此例如，您可能需要将其设置为 sig.level=-0.1)

require(corrplot)

# Data
M <- mtcars[3:7]
pval <- psych::corr.test(M, adjust="none")$p

# Corrplot
corrplot(cor(M), type="upper", p.mat=pval, insig="p-value", 
                                               tl.pos="n", sig.level=0)
corrplot(cor(M), type="lower", add=T, tl.pos="d", cl.pos="n")

这给出

但是，如果您想向 p 值添加更多详细信息，后格式化绘图并使用 text 调用添加它们可能会更容易

# Plot
corrplot(cor(M), type="upper", tl.pos="n")

# Get positions & plot formatted p-values
pos <- expand.grid(1:ncol(pval), ncol(pval):1)
text(pos, p_format(pval))

# lower tri
corrplot(cor(M), type="lower", add=T, tl.pos="d", cl.pos="n")

给予

格式化函数

p_format <- function(x, ndp=3)
{
  out <- format(round(as.numeric(x),ndp),ns=ndp,scientific=F,just="none")
  ifelse(out=="0.000","<0.0001", out)
}

我的观点(fwiw)是，这向情节添加了太多信息