r - 使用R/python依赖项优化Docker

Question

我最初将问题发布在Docker论坛上，但尚未收到任何评论，因此，鉴于SO的访问量越来越大，请将其发布在这里。

https://forums.docker.com/t/using-multi-stage-docker-build-for-slimming-down-images-with-r-dependency/67967

我想用一句话来简化我的R / python docker ，欢迎提出任何建议!谢谢!

因此，我正在为某些具有R依赖关系的应用程序构建docker镜像，但是我编写的幼稚构建过程(请参见下面的Dockerfile，第1阶段)会导致IMO镜像大小膨胀。

因此，我正在考虑使用多阶段构建，以了解缩小图像尺寸的效果如何。

显然，仅复制R＆Rscript二进制文件和来自构建层的软件包将不起作用，因为我确实收到了以下错误消息，表明我还需要复制这些动态库依赖项。

/usr/lib/R/bin/R: line 238: /usr/lib/R/etc/ldpaths: No such file or directory
/usr/lib/R/bin/exec/R: error while loading shared libraries: libR.so: cannot open shared object file: No such file or directory

所以我的问题是

是我的方法从根本上存在缺陷(或者在节省空间/维护方面不值得一提)，或者说

我是否只需要复制更多库？

还有一个与远程相关的问题:Python依赖项是否也会有类似情况？

谢谢!

与R的插图

####### stage 1: build
FROM ubuntu:18.10 as builder

# update OS libs
ARG OS_LIBS="software-properties-common libcurl4-openssl-dev libssl-dev libxml2-dev gpg-agent gnupg"
ARG DEBIAN_FRONTEND=noninteractive
RUN apt-get -qqy update --fix-missing && \
    apt-get -qqy full-upgrade && \
    apt-get -qqy install --no-install-recommends \
        ${OS_LIBS} && \
    apt-get autoremove --purge -y && apt-get autoclean -y && \
    rm -rf /var/cache/apt/* /var/lib/apt/lists/* /var/tmp/* /tmp/* /usr/share/man/?? /usr/share/man/??_*

# install base R
ARG R_RELEASE_VERSION="3.5.1"
RUN apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9 && \
    add-apt-repository "deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu cosmic-cran35/" && \
    apt-get -qqy update --fix-missing && \
    apt-get -qqy full-upgrade && \
    apt-get -qqy install --no-install-recommends \
        r-base-core="${R_RELEASE_VERSION}"-1build1 \
        r-base-dev="${R_RELEASE_VERSION}"-1build1
# this is just a toy example
RUN R -e -vanilla 'install.packages("data.table", destdir = "/tmp/R_pkg_download/", clean = TRUE)'



####### stage 2: copy the binary and libs
FROM ubuntu:18.10

RUN mkdir -p /usr/lib/R \
             /usr/local/lib/R/site-library
COPY --from=builder /usr/bin/R /usr/bin/R
COPY --from=builder /usr/bin/Rscript /usr/bin/Rscript
COPY --from=builder /usr/lib/R /usr/lib/R
COPY --from=builder /usr/local/lib/R/site-library /usr/local/lib/R/site-library

Answer 1

是的，您还需要复制共享库(例如提到的libR.so)，因为动态链接的R二进制文件需要它们。

但是，除非您有特定的用例，否则这种图像大小优化是不值得的。节省的磁盘空间的价格可能比时间值(value)低得多，您将花费时间进行优化。在您的情况下，我将使用rocker(rocker/r-ver)中的一些就绪R图像-证明R图像可用于一般R。